Lajitietokeskuksen kehitystiedote 4/2021
23.04.2021 09:29 - Esko Piirainen (päivitetty: 23.04.2021 11:04)

Luonnontieteellinen keskusmuseo Luomus kehittää ja ylläpitää Suomen Lajitietokeskuksen palveluja. Rakennamme työkaluja tutkijoille, viranomaisille, luontoharrastajille sekä suurelle yleisölle ja opetuksen tarpeisiin. Tässä yhteenveto edellisen tiedotteen (2/2021) jälkeen tehdyistä uudistuksista, uusista palveluista ja työn alla olevista asioista.

Kevään tulon myötä käynnistyvien seurantatukimusten Vihko lomakkeiden parantelu on ollut ajankohtaista. Olemme käynnistäneet havaintojen automaattisen laadunvalvonnan suunnittelun ja havaintotyöryhmä kokoontui antamaan ajatuksiansa aiheesta. Viranomaispalveluiden käyttö ja aineistopyyntöjen määrä ovat räjähdysmäisessä kasvussa. Olemme kartoittaneet viranomaisten, aineistojen omistajien ja muiden tahojen tarpeita saada Lajitietokeskuksen havaintodataa rajapintojen avulla ja paikkatietotuotteina ja viimeistelleet suunnitelmat tähän liittyen.

Laji.fi

Laji.fi:ssa voit tutustua lajeihin ja niiden esiintymiseen sekä selata havaintoja suomalaisista lajitietokannoista.

Havaintoja voi nyt suodattaa tarkemmin tietolähteen laatuluokituksen ja yksittäisen havainnon luotettavuuden perusteella.

Valitut kriteerit palauttavat kaikki havainnot ammattiaineistoista (pl virheelliseksi merkityt) ja asiantuntijan tai yhteisön varmistamat havainnot muista aineistoista.

Kehitimme protoyyppin uudenlaisesta tavasta selata lajikuvia. Voit lukea asiasta lisää tästä foorumiketjusta ja antaa palautetta.

Perhosten heimojen selailua tavalla, jonka tulisi tukea lajimääritystä.

Laji.fi:hin ja muihin lajitietokeskuksen palveluihin tehtiin noin 30 pieniä parannusta ja bugikorjausta. Esimerkkejä näistä:

  • Nappien ja painikkeiden ulkoasua yhdenmukaistettiin
  • Lajiluettelon taksonomista rajausta ei saanut tyhjennettyä; korjattu
  • Kerttu - lintuäänien tekoälykoulutuspalvelun tulospalvelua on laajennettu ja tehty lukuisia käytettävyysparannuksia. Kerttulla on nyt noin 40 aktiivista käyttäjää ja pari sataa vähemmän aktiivista käyttäjää; käyttäjät ovat validoineet 183K lyhyttä ääntä ja kuunnelleet läpi 4K pidempää 30s nauhoitusta ja tunnistaneet niissä esiintyvät linnut.
  • Lajikortti: Esiinyminen eliömaakunnittain -kartan värejä on parannettu; etenkin näytetään omalla värillään havaintodatan perusteella päätelty esiintyminen.
  • Vihko tutkimusprojektien omistajille tarkoitettu osallistujaraportti on korjattu
  • FinBOLD projektissa kehitetty PROTAX algoritmi muuttaa syötetyt DNA-sekvenssit lajimäärityksiksi (tai todennäköisyyksiksi). Algoritmi toimii tällä hetkellä kovakuoriaisille. Laji.fi:ssä on osio, jossa voi syöttää DNA-sekvenssejä ja saada ulos visualisoinnin ja raportin tuloksista. (Tätä ei ole vielä avattu kaikille näkyväksi.)
  • Saapuminen laji.fi portaaliin taksonin tunnisteen kautta ei valinnut käyttäjän kieltä halutusti; korjattu.
  • Selaimet saattoivat ehdottaa kirjautumissivun kääntämistä väärälle kielelle; korjattu
  • Laadunvalvontanäkymässä havaintojen selailu nuolinäppäimillä ei päivittänyt havainnon kuvia; korjattu
  • Korjattu lajikortilla kuvien selailua nuolinäppäimillä
  • Korjattu ongelma tiedostolatauksissa ja aineistopyynnöissä, joissa käytetty koordinaattirajauksen päällekkäisyyssuhderajausta
  • Havaintohaun tuloksiin on lisätty valittavaksi lajin sensitiivisyys. Uhanalaisuuden visualisointia on parannettu. (Nämä muutokset on tehty mutta eivät välttämättä ole vielä tämän tiedotteen julkaisuhetkellä näkyvissä).

Vihko

Vihko on havaintotietokanta, johon voit tallentaa luontohavaintojasi sekä osallistua seuranta- ja kansalaistiedehankkeisiin. Vihkoon tallennetut näytteet näkyvät avoimena tietona Laji.fi:ssä.

Pieniä muutoksia ja parannuksia:

  • Vihkon ulkoasun määrittäviätekniikoita on yhdenmukaistettu laji.fi:n vastaavien tekniikoiden kanssa. Samalla Vihkon ulkoasu hiukan muuttui yhdenmukaisemmaksi muun sivuston kanssa.
  • Suomen ympäristökeskuksen päiväperhos- ja kimalaisseurantojen lomakkeita on kehitetty ja niille on rakennettu tulospalvelu. Tulospalvelut ja kimalaislomake eivät vielä ole julkisesti näkyvissä vaan avataan myöhemmin.
  • Vesilintulaskennan lomakkeeseen on tehty runsaasti parannuksia edellisen kesän ensimmäisen seurantakauden palautteen perusteella.
  • Jos havaintokuviin laitetaan "habitaatti" (tai "habitat") avainsana, kuva siirretään automaattisesti havainnon katselunäkymässä (Selaa havaintoja osio) pois havainnosta erilliseksi paikkakuvaksi. Tämä on etenkin Mobiilivihkon kannalta oleellinen ominaisuus.
  • Korjattu ongelmia Vihkon tiedostolatauksen lajinimen tunnistamisessa (näytti valideja nimiä varoituskolmion kera).
  • Tiedostolatauksessa määrityspäivä -kenttään voi nyt syöttää myös vain vuosiluvun.

Mobiilivihko

Olemme ottaneet testikäyttöön Vihkon mobiilisovelluksen (Android - myöhemmin myös iPhone). Sovelluksen avulla voi ilmoittaa havaintoja vapaassa muodossa ("retkilomake") ja sieniatlaksen lomakkeen kentillä. Lue lisää mobiilisovelluksesta.

Vihkon mobiilisovelluksen avulla voit ilmoittaa havaintoja mistä tahansa eliölajeista ja osallistua myös sieniatlakseen.

Uudet havainto- ja kokoelma-aineistot Laji.fi:ssa

Lajitietokeskuksen tietovarastoon on lisätty helmikuun alun jälkeen 340.000 uutta havaintoa 11.800 lajista

Havaintomäärältään eniten kasvaneita aineistoja ovat:

  • Kastikka putkilokasvitietokannan havaintoja 100.000 kpl, pääosin vuodelta 2020
  • Vihko-havaintopalveluun tallennettuja havaintoja 85.000 kpl; suurimpana ryhmänä perhoset vuodelta 2020
  • Luomuksen Itä-Fennoskandian pistiäisten näytekokoelma: 23.000 näytettä, pääosin 1930-2010 väliltä Suomesta ja nykyisen itärajan takaa
  • SYKE:n pohjaeläintietojärjestelmästä 23.000 havaintoa pääosin vuosilta 2019-2020; suurimpina ryhminä hyönteiset, kuoriäyriäiset ja monisukasmadot
  • iNaturalist Suomi havaintojärjestelmästä 17.000 havaintoa, valtaosa kuluvalta vuodelta; eniten sovellukseen on tallennettu kuvia linnuista, perhosista ja kovakuoriaisista
  • Lintujen rengastuksia ja löytöjä Luomuksen Tipu-järjestelmästä 17.000 kpl
  • Talvilintulaskennasta 11.000 havaintoa

Alueellisen uhanalaisuusarvioinnin tulospalvelu

Punaisen kirjan tulospalvelua laajennettiin uudella osiolla, jossa voi selata 2019 arvioinnissa elinvoimaisiksi tai silmälläpidettäväksi määriteltyjen lajien alueellista uhanalaisuutta. Palvelu löytyy osoitteesta https://punainenkirja.laji.fi/regional. Palvelussa voi selata niitä lajeja, jotka ovat määritelty 2020 tehdyssä alueellisessa uhanalaisuusarvioinnissa uhanalaiseksi ainakin yhdellä arviointivyöhykkeistä.

Ahvenanmaalla tai lounaisrannikolla vuonna 2020 alueellisesti uhanalaiseksi (RT) määritellyt suolintulajit.

LIFEPLAN-projekti

LIFEPLAN-projektin tavoitteena on koota näyte, itiö, kuva ja äänidataa ympäri maapalloa. Lajitietokeskuksen kehittämä palvelu, jonka avulla äänet ja kuvat lähetetään talteen, on otettu käyttöön, ja sen avulla on siiretty 11 TB dataa. Kuusivuotisen projektin päättyessä dataa pitäisi olla kertynyt jopa 2000 TB.

Kerroimme edellisessä tiedotteessa, että Kerttu tekoälynkoulutuspalvelu on avattu. Sen avulla koulutetaan tekoälyä tunnistamaan Suomen lintuja äänistä. Kertusta kehitetään nyt versiota, jolla koulutetaan koko maailman lintujen äänientunnistusta.

Rajapinta

Rajapinnan muutokset on dokumentoitu omalla sivullaan: https://laji.fi/about/1731

Työn alla

Jatkamme Laji.fi-portaalin, Vihkon, Viranomaisportaalin ja muiden palvelujen parantamista. Lähiaikoina työskentelemme etenkin seuraavien aihepiirien parissa:

  • Uudistamme Laji.fi havaintohaun sekä Vihkon taustajärjestelmiä vakaammiksi ja nopeammiksi mm siirtämällä palveluita vakaammille pilvipalvelimille.
  • Helsingin yliopiston tietojenkäsittelytieteen laitoksen opiskelijaryhmä toteuttaa harjoitustyönä sovellusta Lintuasemien havaintojen kirjaamiseen.
  • Olemme mukana kansainvälisissä Synthesys+ ja DiSSCo Prepare -hankkeissa, joissa tähdätään museonäytteiden digitoinnin ja tiedon jakamisen ja yhteiskäytön kehittämiseen. Molemmat hankkeet jatkuvat muutaman vuoden ajan. Tällä hetkellä keskitymme erityisesti näytekuvien jakamisen toteutukseen IIIF-standardin mukaisella tavalla ja kehitämme prototyyppiä palvelusta, jonka avulla näyte-etiketeistä koneellisesti luettua (OCR) raakatekstiä voidaan jalostaa tunnistamaan määritys, kerääjä, aika, yms. tietoja käyttäen koneoppimisen menetelmiä.
  • Pinkka oppimisympäristölle tehdään teknistä huoltoa: mm. lisätään Google analytics, siiretään eri palvelimelle ja muutetaan ylläpitäjien kirjautumistapaa.
  • Siirrämme GIS-rajapinnat uudelle tekniselle alustalle ja lisäämme samalla muutamia uusia karttapohjia, kuten AFE-tutkimuksen euroopassa ja Suomessa käytettävän ruudukon.
  • Kirjoitamme dokumentaatio siitä, kuinka havaintodatoja on mahdollista tuoda sisään GIS-tuotteisiin Lajitietokeskuksen tiedostolatauksista ja API-rajapinnasta.
  • Laji.fi:ssä näytetään pian kaikki Kotka ja Kastikka kokoelmapalveluihin kirjatut määritystapahtumat; tällä hetkellä näytetään vain yhden voimassa olevan määrityksen tiedot.
  • Parannamme Kastikka-tietokannan tietojen siirtymistä Laji.fi:iin.
  • Jatkokehitämme Laji.fi ja viranomaisportaalin Selaa havaintoja -osion aineistorajauksen käyttöliittymää
  • LajiGIS tiedonsiirtoa on laajennetaan kattamaan uusia kenttiä ja ne lisätään näkyviin viranomaisportaalissa. Lisäksi laajennetaan tiedonsiirtoa kattamaan uhanalaisten petolintujen pesämäpaikkatiedot, joten nekin saadaan näkyville viranomaisportaalissa (ja julkisessa portaalissa sensitiivisten lajien määrityksen mukaisesti karkeistetusti).
  • Osallistumme Automating biodiversity indicators 2021-2022 -projektiin yhdessä Syken ja muiden ympäristöalan toimijoiden kanssa. Hankkeessa kehitetään työkalu, joka laskee Lajitietokeskukseen välitettyjen seuranta-aineistoijen tietojen perusteella laji- ja eliöryhmäkohtaisia monimuotoisuuden indikaattoreita. Tavoite on nopeuttaa indikaattoreiden muodostamista, joka mahdollistaa niiden aktiivisemman päivittämisen, sekä avata tiedot ja työkalut kaikkien käytettäväksi.
  • Parannamme Laji.fi:n ja muiden palveluiden saavutettavuttaa.
  • Kehitämme käyttöliittymää, jonka avulla ylläpitäjät voivat nopeasti luoda Aineistopankkiin uusia tutkimuksia ja lomakkeita. Nykyisellään tiedot pitää kirjoittaa "käsipelillä" teknisessä lomakemääritysmuodossa.
  • Parannamme Vihkon toimintavarmuutta erilaisissa virhe- ja poikkeustilanteissa.