Lajitietokeskuksen kehitystiedote 12/2020
11.12.2020 10:49 - Mikko Heikkinen (päivitetty: 11.12.2020 12:02)

Luonnontieteellinen keskusmuseo Luomus kehittää ja ylläpitää Suomen Lajitietokeskuksen palveluja. Rakennamme työkaluja tutkijoille, viranomaisille, luontoharrastajille sekä suurelle yleisölle ja opetuksen tarpeisiin. Tässä yhteenveto edellisen tiedotteen (9/2020) jälkeen tehdyistä uudistuksista, uusista palveluista ja seuraavaksi työn alla olevista asioista.

Laji.fi

Laji.fi:ssa voit tutustua lajeihin ja niiden esiintymiseen sekä selata havaintoja suomalaisista lajitietokannoista.

Lajinimien valintaan ja käyttöön tehtiin useita parannuksia. Työ näiden parissa jatkuu edelleen.

Nimien pudotusvalikko näyttää aiempaa enemmän tietoja valittavissa olevista taksoneista, mikä helpottaa valintaa. Esim. kun sama nimi kuuluu kahdelle lajille, voi oikean lajin valita tieteellisen nimen, lajiryhmän tai suomalaisuuden perusteella:

Pudotusvalikko osaa myös yhdistää saman taksonin eri nimet, joten jos käyttäjä esim. ryhtyy hakemaan vanhalla nimellä "ruusuruoho", se näyttää nykyisen virallisen nimen "ketoruusuruoho". Lajihaku myös painottaa Suomessa tavanomaisia lajeja, esim. tässä esimerkissä yleinen ketoruusuruoho näytetään ennen harvinaisempaa ruusuruohokiitäjää:

Hakukentän vieressä näytetään se nimityyppi, jonka vastaa käyttäjän kirjoittamaan nimeen. Esim. jos käyttäjä kirjoittaa tieteellisen nimen, näytetään se:

Lajien ja muiden taksonien nimiä käytetään myös muista järjestelmistä tuotavien havaintojen linkittämiseen Lajitietokeskuksen ylläpitämään taksonomiaan. Tämä on usein monimutkaista, koska nimiä ja nimistöjä voidaan käyttää eri tavoin. Linkityksen parantamiseksi on tehty työtä ja sitä jatketaan, jotta erilaiset havaintoaineistot saataisiin käytettäväksi yhdenmukaisella ja selkeällä tavalla. 

Lajien ja muiden taksonien yleiskielisille nimille lisättiin uusi nimityyppi "yleisesti käytössä oleva epävirallinen nimi". Tämän avulla lajeja voidaan hakea ja käyttää myös epävirallisemmilla nimillä, kuten ruusuruoho (virallisesti ketoruusuruoho) ja mänty (metsämänty). Tällaisia uusia nimiä lisätään lähitulevaisuudessa, mukana on vasta joitakin kasvinimiä.

Mikäli valikko toimii odottamattomalla tavalla, pyydämme palautetta osoitteeseen helpdesk@laji.fi. Toiminto on varsin monimutkainen, ja sen toiminta riippuu mm. tietokannassa olevista nimistä ja niiden ominaisuuksista, joten voi olla että jokin käyttötapaus on jäänyt huomaamatta. 

Laji.fi:ssa kaikilla havaintoaineistoilla ja yksittäisillä havainnoilla on oma laatuluokitus. Nämä laatuluokat näytetään nyt havaintohaussa ja yksittäisissä havainnoissa myös ikonien avulla. Havaintohaussa ikonit saa näkyville kun valitsee tuloksiin Aineiston laatu ja Havainnon luotettavuus -sarakkeet.

  • Tietoaineiston laatu ilmaistaan kolmiportaisella asteikolla 
  • Yksittäisen havainnon laatu ilmaistaan viisiportaisella asteikolla. Tämä luokitus perustuu ainoastaan yksittäisen havainnon tarkasteluun, joten esim. aineiston laadulla ei ole tähän vaikutusta. 

Lisää tietoa laatuluokittelusta ja -ikoneista.

Yksittäisten havaintojen laatutasot ja niitä vastaavat ikonit.

Hakutulostaulukkoon saa mukaan myös sarakkeet taksonomisesta järjestyksestä ja lajin uhanalaisuusluokasta. Hakutuloksia voi myös järjestää näiden mukaan.

Tulostaulukkoon voi valita tarvittavia sarakkeita, esim. aineiston ja havainnon laadun, taksonomisen järjestyksen, tieteellisen nimen ja uhanalaisuusluokan.

Kokoamme luetteloa julkaisuista, joissa on käytetty Lajitietokeskuksen kautta jaettua dataa tai Lajitietokeskuksen palveluja. Luetteloa päivitetään automaattisesti aika ajoin. 

Laji.fi taustajärjestelmiä uudistetaan, mikä lisää niiden toimintavarmuutta ja nopeutta. Uudistustyö jatkuu edelleen muiden töiden ohella.

Lisäksi Laji.fi:hin ja muihin lajitietokeskuksen palveluihin tehtiin 54 bugikorjausta ja kymmeniä pieniä parannuksia. Esimerkkejä parannuksista:

  • Koordinaatit voi antaa Vihko-lomakkeelle niin että niissä on välilyöntejä. Helpottaa koordinaattien kopiointia muualta.
  • Lajisivujen kartalle lisättiin infoteksti ja havaintojen hakusuodattimia muutettiin yhdenmukaisemmiksi.
  • Taksonomiakaaviossa näytetään tieteellinen nimi, jos yleiskielinen nimi puuttuu, paitsi jos nimi on niin pitkä että se ei mahdu kaavioon.
  • Talvilintulaskentaan tehtiin pieniä korjauksia ja muutoksia esim. virheilmoituksiin ja tulostaulukoihin.
  • Tutkimushankkeiden datan käsittelyä parannettiin.
  • Ohjeita on laajennettu ja myös yksinkertaistettu.

Vihko

Vihko on havaintotietokanta, johon voit tallentaa luontohavaintojasi sekä osallistua seuranta- ja kansalaistiedehankkeisiin. Se on yksi Lajitietokeskuksen primäärijärjestelmistä ja sinne tallennetut näytteet näkyvät avoimena tietona Laji.fi:ssä.

Yllä mainitut muutokset lajinimien käsittelyssä ovat käytettävissä myös Vihkon lomakkeilla.

Jotkin lajien tai sukujen suomenkieliset tai tieteelliset nimet eivät ole yksilöllisiä, toisin sanoen sama nimi on annettu usealle lajille tai suvulle. Esimerkiksi kirjokehrääjä on sekä perhosen että linnun nimi, ja Prunella tarkoittaa rautiaisten ja niittyhumalien sukua. Aiemmin tällaisilla nimillä Vihkoon ja muihin havaintojärjestelmiin kirjattujen havaintojen hakeminen oli vaikeaa. 

Nyt tätä on muutettu siten että jos toinen nimi kuuluu suomalaiselle eliölle ja toinen ulkomaiselle, linkitetään havainto suomalaiseen eliöön mikäli havainto on tehty Suomessa. Näin esim. kirjokehrääjä-nimellä kirjatut havainnot näkyvät nyt hauissa oikein.

Retkilomakkeella yksittäiselle havainnolle voi nyt määritellä millaisen havaintoalueen tahansa (pisteen, reitin, alueen). Aiemmin yksittäisille havainnoille pystyi antamaan vain pistemäisiä koordinaatteja.

Esitäytetyn havaintolomakkeen voi nyt luoda omalla lomakkeellaan. Ks. ohje esitäytetyistä lomakkeista.

Esitäytetyt lomakkeet sisältävät myös seuraavat tietokentät:

  • Keruutapahtuman lisätiedot
  • Havainnointipäivien lukumäärä
  • Havainnointiminuuttien lukumäärä 

Havaintojen tuontia Excel-tai muun taulukkotiedoston avulla on paranneltu:

  • Suurempien havaintomäärien tuonti on aiempaa huomattavasti nopeampaa.
  • Virheistä ilmoitetaan selkeämmin.
  • Tuntemattomat lajien ja havainnoijien nimet voi hyväksyä yhdellä napinpainalluksella (aiemmin jokainen pitoi hyväksyä erikseen).
  • Toiminto sietää paremmin ongelmatilanteita, esim. jos nettiyhteys pätkii tallennuksen aikana.

Katso myös ohjeita havaintojen tallennuksesta tiedostona.

Lisäksi Vihkon taustajärjestelmiä uudistettiin niin että uusien seuranta- ja kartoitusprojektien lisääminen on helpompaa, ja että projektien käyttöliittymät ovat aiempaa yhdenmukaisemmat. Vihkon avulla toteutetaan nyt 14 erilaista seuranta- ja kartoitusprojektia, ja lisää on tulossa jälleen ensi vuodeksi.

Uudet havainto- ja kokoelma-aineistot Laji.fi:ssa

Lajitietokeskuksen tietovarastoon lisättiin syyskuun alun jälkeen n. 2 miljoonaa uutta havaintoa n. 16.800 lajista.

Suurimpia uusia aineistoja ovat:

  • Metsähallituksen ja Suomen ympäristökeskuksen LajiGIS: Lajin seurantakohteet -aineisto (ml. ns. Hertta-tietokanta), joka sisältää uhanalaisten ja vieraslajien sekä niiden seuralaislajien havaintoja, 543.000 havaintoa. (Tiedote)
  • eBird-lintuhavaintopalvelun suomalaisia lintuhavaintoja, 502.000 havaintoa. (Tiedote)
  • LajiGIS: Lajistokartoitus vesistössä -aineisto, 483.000 havaintoa.
  • Rengastus- ja löytörekisteri (TIPU), 127.000 havaintoa.
  • Vihkon uudet havainnot, 122.000 havaintoa.
  • iNaturalistin uudet havainnot, 57.000 havaintoa.
  • Turun yliopiston putkilokasvihavaintoja, 46.000 havaintoa.

Lisäksi uusi merkittävä aineisto on päiväpetolintujen ja pöllöjen pesäpaikkatieto, jota jaetaan Rengastustoimiston tietokannoista Lajitietokeskuksen kautta viranomaisten käyttöön. Tiedon jakamisella voidaan ehkäistä pesien tuhoutumista esim. metsänhoitotoimien yhteydessä. Laji.fi:ssa pesäpaikat ovat karkeistettuna.

Muita palveluita ja hankkeita

Aineistopankki

Aineistopankki on Lajitietokeskuksen palvelu, johon voi tallentaa erilaisia havaintoaineistoja, esim. tutkimusaineistoja tai viranomaisten ja konsulttien kokoamia luontokartoitusten tuloksia. Aineistopankin havainnot tulevat Laji.fi:n ja viranomaisportaalin kautta saataville.

Aineistopankin suoristuskykyä ja ohjeistusta parannettiin.

Aineistopankki sopii sekä muualla ylläpidettävien aineistojen jakamiseen, että aineistojen varsinaiseen ylläpitoon. Tutustu erilaisiin mahdollisuuksiin jakaa aineistoasi.

Cradle of Mankind

”Cradle of Mankind” (englanniksi) on projekti arvokkaiden fossiilinäytteiden tietojen digitoimiseksi. Kenian kansallismuseo (the National Museums of Kenya) ja Luonnontieteellinen keskusmuseo Luomus ovat sopineet yhteistyöstä, jonka tarkoituksena on siirtää tuhansia fossiilinäytteitä ja niiden tietoja digitaaliseen muotoon. Nyt projektiin toivotaan apuvoimia Zooniverse-alustan kautta.

Työn alla

Jatkamme Laji.fi-portaalin, Vihkon, Viranomaisportaalin ja muiden palvelujen parantamista osa kerrallaan. Lähiaikoina työskentelemme etenkin seuraavien aihepiirien parissa:

  • Taksonomian ja nimien käsittely kehitetään edelleen.
  • Havaintohakua ja sen laatu- ja kokoelmarajaustoimintoja parannetaan.
  • Lajikuvien näyttäminen paremmin lajinmääritystä tukevassa muodossa.
  • Havaintojen hakemista ja esittämistä niiden laadun perusteella parannetaan. Tavoitteena on sallia monipuolisemmat hakumahdollisuudet, joita etenkin ammattikäyttäjät tarvitsevat. (Lisää laadunvalvonnasta.)
  • Uudistamme Laji.fi havaintohaun sekä Vihkon taustajärjestelmiä vakaammiksi ja nopeammiksi.
  • Olemme mukana LIFEPLAN-projektissa, jossa kehitetään työkaluja lintujen äänien automaattiseen tunnistamiseen tekoälyn avulla. Tähän liittyvä tunnistuksien joukkoistamissovellus Kerttu on rajatussa koekäytössä. 
  • Tietojenkäsittelytieteen laitoksen opiskelijaryhmä toteuttaa harjoitustyönä sovellusta Lintuasemien havaintojen kirjaamiseen.
  • Viranomaisportaalin kehitystä jatketaan. Portaalin kautta Laji.fi:n kaikki havainnot (m. sensitiiviset) ovat viranomaisten käytettävissä ja hyödynnettävissä esim. kaavoituksen ja suojelutoimien avuksi.
  • Vieraslajit.fi -portaalin uudistaminen.
  • Kehitämme välinettä hyönteisten tunnistamiseen geenisekvensseistä Protax-sovelluksen avulla, yhdessä sen kehittäjien kanssa. 
  • Suunnittelemme tutkijoille suunnattua tutkimusportaalia, joka tarjoaa tutkijoiden tarpeisiin paremmin soveltuvia välineitä.
  • Olemme mukana kansainvälisissä Synthesys+ ja DiSSCo Prepare -hankkeissa, joissa tähdätään museonäytteiden digitoinnin ja tiedon jakamisen ja yhteiskäytön kehittämiseen. Molemmat hankkeet jatkuvat muutaman vuoden ajan.
  • DIAS-hankkeessa jaetaan tietoa ja osaamista vieraslajeihin liittyen.
  • Kehitämme Android-mobiilisovellusta Liito-oravien kartoitusta varten Liito-orava LIFE-projektissa. Sovellus on nyt rajatussa testikäytössä. Tätä sovellusta käytetään myös pohjana yleiselle havaintojen tallennussovellukselle.
  • Aineistopyyntöjärjestelmään tehdään parannuksia. Tämän kautta esim. tutkijat ja konsultit voivat pyytää ja saada käyttöönsä sensitiivisiä havaintoja niiden omistajien suostumuksella.
  • Uusien viranomaisten omistamien havaintoaineistojen tuominen Lajitietokeskukseen.