Oman aineistosi liittäminen Suomen Lajitietokeskukseen

Tätä ohjetta ollaan päivittämässä 7/2020

Suomen Lajitietokeskuksen tavoitteena on koota yhteen lajitietoa ja julkaista se avoimesti saatavaksi, jotta tietoa hyödynnettäisiin paremmin esim. tutkimuksessa, viranomaistoiminnassa, harrastustoiminnassa ja oppimisessa. Lajitietokeskukseen kerätään karkeasti ottaen kolmenlaista tietoa:

  1. Havaintoja eliölajeista (mukaan lukien seurannat, tutkimukset kartoitukset, yksittäiset havainnot ja kokoelmanäytteiden tiedot)
  2. Havaintoja sisältävien tietoaineistojen kuvailuja eli metatietoja
  3. Kuvaustekstejä, valokuvia ja muita tietoja eliölajeista

Näille tietotyypeille on toisistaan poikkeavia kanavia, joiden avulla voit saada tietosi Lajitietokeskuksen käyttöön. Ennen kuin lähdet liittämään tietojasi, sinun on syytä tutustua Lajitietokeskuksen aineistopolitiikkaan (PDF), käyttöoikeuslisensseihin ja havaintoaineistojen osalta sensitiivistä lajitietoa koskeviin karkeistuksiin.

1) Havaintojen ja kokoelmanäytteiden tietojen jakaminen

Havainnot ja kokoelmanäytteiden tiedot ovat pohjimmiltaan lajin esiintymistietoa tietyssä paikassa tiettynä aikana. Tätä tietoa kerätään Lajitietokeskuksen tietovarastoon, jonka kautta ne tulevat Laji.fi-portaalin ja viranomaisportaalin kautta haettavaksi ja käytettäväksi.

Tässä kuvataan erilaisia tapoja, joilla havaintotietoja voidaan liittää tietovarastoon. Sopivin tapa voi riippua mm.

  • Tiedon tyypistä (havaintoja vai kokoelmanäytteitä, asiantuntijoiden vai yleisön keräämiä)
  • Missä tietoa halutaan ylläpitää.
  • Tiedon määrästä ja päivitystiheydestä
  • Käytettävissä olevasta tekniikasta ja teknisestä osaamisesta

Jotta tietojen ylläpito olisi sujuvaa eivätkä tietoon tehtävät muutokset aiheuttaisi ongelmia, on tärkeää erotella toisistaan ns. primääri- ja sekundääritieto. Lue lisää primääri- ja sekundääritiedosta.

Havainnot liittyvät aina johonkin aineistoon (eli kokoelmaan). Aineiston metatiedoissa määritellään havaintoaineiston tietoja, kuten kuvaus aineistosta, aineiston laatuun liittyviä tekijöitä, käyttöoikeuslisenssi, vastuuhenkilöt ja mahdolliset rajoitukset tiedon näkyvyyteen.

A) Primääritietona

Siirto primääritietona tarkoittaa, että jatkossa kaikki muutokset aineistoon tehdään tähän järjestelmään.

A1) Kokoelma-aineiston siirtäminen Kotkaan ylläpidettäväksi tai arkistoitavaksi

Kotka-kokoelmienhallintajärjestelmä on tehty ensisijaisesti museoiden ja vastaavien organisaatioiden kokoelmille, mutta siihen voidaan tallettaa myös havaintoaineistoja.

Voit toimittaa aineistosi Kotka-kokoelminhallintajärestelmään erillisen ohjeen mukaan. Kotkaan tallennetut tiedot kopioidaan automaattisesti tietovarastoon.

A2) Aineiston siirtäminen Vihkoon ylläpidettäväksi tai arkistoitavaksi

Voit siirtää aineistosi Vihko-havaintopalveluun ja jatkaa aineiston ylläpitoa siellä. Aineistoa voidaan tallentaa kahdella tavalla, jotka toimivat samalla periaatteella kuin havaintojen tallennus Vihkoon:

  • Tiedoston avulla Excel- tai vastaavassa taulukkomuodossa (suuri määrä kerrallaan)
  • Yksittäisinä havaintoina tai havaintoerinä selainkäyttöliittymällä.

Muutokset havaintoihin tehdään Vihkon käyttöliittymällä. Vihkoon tallennetut tiedot kopioidaan automaattisesti tietovarastoon.

Aineistolle voidaan määritellä yksi tai useita ylläpitäjiä, joilla on rajoittamaton pääsy ja muokkausoikeus aineiston havaintoihin.

A3) Uuden aineiston kerääminen Vihkon avulla

Vihko-havaintopalvelu on tehty alustaksi erilaisten tutkimus- ja seurantahankkeiden toteuttamiselle sekä aktiivisten luontoharrastajien havaintopäiväkirjaksi. Vihkon avulla voi kerätä uutta havaintoaineistoa joko valmiiden tai erikseen toteutettavien lomakkeiden avulla.

Vihkoon tallennetut tiedot kopioidaan automaattisesti tietovarastoon.

Aineistolle voidaan määritellä yksi tai useita ylläpitäjiä, joilla on rajoittamaton pääsy ja muokkausoikeus aineiston havaintoihin.

Jos haluat käyttää Vihkoa aineiston keruussa, ota yhteyttä osoitteeseen helpdesk@laji.fi.

A4) Uuden aineiston kerääminen iNaturalist Suomen avulla

iNaturalist Suomi (iNaturalistFi) on luontohavaintopalvelu ja mobiilisovellus, hjolla voi helposti kirjata havaintoja ja saada apua niiden tunnistamiseen. iNaturalista voi käyttää havaintojen keräämiseen eritysesti suurelta yleisöltä, mutta sitä ei voi eritysesti mukauttaa tutkimushankkeita varten.

Lue lisää iNaturalist Suomesta. iNaturalistiin tallennetut suomalaiset havainnot kopioidaan automaattisesti tietovarastoon pienellä viiveellä ja tietyin poikkeuksin.

B) Kopio sekundääritietona

Kopiointi sekundääritietona tarkoittaa, että muutokset aineistoon tehdään edelleen jonnekin muualle, josta tiedot kopioidaan säännöllisesti tähän järjestelmään.

Kaikissa havainnoissa tulee olla yksilöllinen pysyvä tunniste, jotta päivitykset ja poistot voidaan kohdistaa oikeaan havaintoon. (Lue lisää tunnisteista LINK)

B1) Aineiston manuaalinen kopiointi tiedostoina

Tämän avulla voit tallentaa kopion aineistostasi Lajitietokeskukseen Excel- tai vastaavassa taulukkomuodossa. (Tuki paikkatietomuodoille, esim. shapefilet, on suunnitteilla.) Tallennus toimii samalla periaatteella kuin Vihkon tiedostotallennus.

Muutokset havaintoihin tehdään tallentamalla päivitetyt tiedot uudelleen. Päivitys voi sisältää kaikki havainnot uudelleen, tai ainoastaan muuttuneet tiedot. Poistojen tulee ilmetä latauksessa omina merkintöinään.

Aineistolle voidaan määritellä yksi tai useita ylläpitäjiä, joilla on rajoittamaton pääsy aineiston havaintoihin.

B2) Aineiston automaattinen kopiointi ohjelmointirajapinnan (API) avulla

Ohjelmointirajapinta sopii suurempien tietojärjestelmien kytkemiseen Lajitietokeskuksen tietovarastoon siten, että tiedot päivittyvät tietovarastoon automaattisesti halutuin määräajoin, esimerkiksi reaaliaikaisesti tai vaikka kerran viikossa. Kopiointi toteutetaan käyttäen avoimia tiedonsiirtorajapintoja (API) erikseen sovittavalla tavalla.

Ota yhteyttä Lajitietokeskukseen asiasta sopimiseksi (helpdesk(at)laji.fi).

Katso myös teknisiä ohjeita rajapinnan käyttöön (englanniksi).

C) Kolmannen osapuolen primäärijärjestelmän kautta

Kolmas vaihtoehto on tallettaa tiedot ja siirtyä käyttämään jonkun muun tahon primäärijärjestelmää, joka jakaa tietojaan Lajitietokeskukselle. Tästä on sovittava tämän järjestelmän ylläpitäjän kanssa.

2) Aineistojen metatiedot

Aineiston metatiedot eli kuvailutiedot pitävät sisällään tietoa kyseisestä aineistosta. Näitä ovat esimerkiksi aineiston nimi ja kuvaus, omistaja, käyttöoikeudet (lisenssi), vastuuhenkilö(t), fyysinen sijainti, tallennusmuoto, jne. Tiedot voidaan luoda kahdella tavalla:

  1. Tiedot tallennetaan Kotka kokoelmanhallintajärjestelmään. Ne näkyvät automaattisesti Lajitietokeskuksessa.
  2. Tarjoa metatietorajapinta: Voimme lukea aineistojesi metatiedot tarjoamastasi metatietorajapinnasta.

Molemmissa tapauksissa ota yhteyttä Lajitietokeskukseen tietojen jakamisen aloittamiseksi (helpdesk(at)laji.fi).

3) Kuvaustekstejä ja tunnistuskuvia lajeista

Lajitietokeskus tarjoaa lajeille tietosivun, joilla näytetään mm. kuvaustekstejä ja kuvia luotettavista lähteistä. Mikäli olet kirjoittanut laadukkaita kuvauksia tai sinulla on hyviä tunnistuskuvia lajeista, jotka haluaisit jakaa Lajitietokeskuksessa avoimella lisenssillä, ota yhteyttä Lajitietokeskukseen (helpdesk(at)laji.fi) .

Voimme vastaanottaa materiaalisi ainakin seuraavalla kolmella tavalla:

  • Kuvaustekstejä ja tunnistuskuvia hallinnoidaan Lajitietokeskuksen taksonitietokannan yhteydessä. Sinulle voidaan antaa pääsy tähän järjestelmään kirjoittamaan tietyn lajiryhmän kuvaustekstejä ja lisäämään tunnistuskuvia.
  • Voit toimittaa teksti ja kuvat tiedostoina, helposti koneluettavassa muodossa. Ota yhteyttä Lajitietokeskukseen, ja voimme yhdessä katsoa kuinka materiaalisi on helpoin siirtää.
  • Mikäli ylläpidät tietoteknistä palvelua, jonka rajapinnoista on mahdollista lukea kuvaustekstejä ja/tai kuvia koneluoettavassa muodossa, ota yhteyttä Lajitietokeskukseen ja voimme kytkeä taksonomiapalvelumme lukemaan sisältöä myös sinun rajapinnastasi.