Luonnontieteellinen keskusmuseo Luomus kehittää ja ylläpitää Suomen Lajitietokeskuksen palveluja. Rakennamme työkaluja tutkijoille, viranomaisille, luontoharrastajille sekä suurelle yleisölle ja opetuksen tarpeisiin. Tässä yhteenveto edellisen tiedotteen (4/2020) jälkeen tehdyistä uudistuksista, uusista palveluista ja seuraavaksi työn alla olevista asioista, jotka on julkaistu touko-heinäkuun aikana.

Laji.fi

Laji.fi:ssa voit tutustua lajeihin ja niiden esiintymiseen sekä selata havaintoja suomalaisista lajitietokannoista.

Havaintoja, joihin on liitetty äänitteitä voi hakea Media > Äänite ja spektrogrammi -rajauksella. (Äänitteitä voi liittää Vihkon avulla tallennettuihin havaintoihin samaan tapaan kuin valokuvia.)

Lisäksi pienempiä muutoksia, mm.:

• Kansankielisten nimien näkymiseen (vaihtoehtoiset nimet paremmin näkyvillä, asiantuntijat tekivät muutoksia nimen järjestykseen)
• Laadunvalvontajärjestelmään
• Havaintotiedon lataamiseen (mm. itse havaittujen lajien luettelon lataaminen)
• Käytettävyyden parantelua mobiililaitteissa
• 51 bugikorjausta

Julkaisimme myös suomalaisille viranomaisille suunnatun viranomaisportaalin, josta lisää alempana.

Vihko-havaintojärjestelmä

Vihko on havaintotietokanta, johon voit tallentaa luontohavaintojasi sekä osallistua seuranta- ja kansalaistiedehankkeisiin. Se on yksi Lajitietokeskuksen primäärijärjestelmistä ja sinne tallennetut näytteet näkyvät avoimena tietona Laji.fi:ssä.

Omien havaintoerien selailuun, käyttämiseen ja muokkaamiseen tehtiin muutoksia.

Havaintohakusivulla näkyy uusi välilehti "Omat havaintoeräni", kun omat havainnot -suodatin on käytössä. Tätä kautta löydät havaintoerät helposti esim. muokataksesi niitä.

Havaintojen katselunäkymässä on napit, joilla havaintoerää pääsee

• Tulostamaan
• Muokkaamaan
• Tekemään siitä esitäytetyn lomakkeen (uusi)
• Poistamaan (uusi)

Omat havaintoeräni -sivulla ei ole enää nappeja poistamiseen ja esitäytetyn lomakkeen (ent. tallennuspohjan) luomiseen, vaan nämä toiminnot löytyvät havaintojen katselunäkymästä (johon pääsee klikkaamalla "Näytä"; ks. yllä). Tällä tavalla niihin pääsee käsiksi myös havaintohaun kautta, ja taulukossa säästyy tilaa.

Havaintoja voi tallentaa tiedostona myös ETRS-TM35FIN-koordinaateilla. Katso myös tarkempi ohje koordinaattien kirjaamisesta (kohta "Koordinaateista tarkemmin").

Vihko on myös alusta tutkimus- ja seurantahankkeille. Huhtikuun jälkeen on avattu uusina lomakkeina:

• Maalintujen pistelaskenta (Luomus)
• Liito-orava LIFE (monen toimijan yhteishanke)
• Kiiltomatokysely (Helsingin ja Oulun yliopistot)
• Vesilintulaskenta (Luke ja Luomus)
• Päiväperhosseuranta maatalousympäristössä (SYKE)

iNaturalist Suomi

iNaturalist Suomi on luontohavaintosovellus ja -verkkopalvelu, joka auttaa tunnistamaan eliöitä valokuvien perusteella. Se on yksi Lajitietokeskuksen primäärijärjestelmistä ja sinne tallennetut näytteet näkyvät avoimena tietona Laji.fi:ssä.

iNaturalist kansainvälinen verkkopalvelu, jonka tavoitteena auttaa ihmisiä oppimaan luonnosta ja tekemään luontohavaintoja. Sen mobiilisovellus- ja verkkopalvelu auttaa tunnistamaan eliöitä valokuvien perusteella: se antaa ensin arvauksen lajista tai lajiryhmästä tekoälyn avulla, jonka jälkeen muut käyttäjät auttavat tunnistuksessa. Samalla havainto tallentuu iNaturalistiin sekä Lajitietokeskukseen mm. Laji.fi-portaalin kautta haettavaksi.

iNaturalist Suomi julkaistiin toukokuun alussa. Se on Lajitietokeskuksen ylläpitämä ja osa kansainvälistä iNaturalist-verkostoa, yhdessä n. 10 muun maan vastaavan palvelun kanssa. Nyt iNaturalistissa on jo yli 120.000 dokumentoitua havaintoa Suomesta.

iNaturalist on saatavilla mobiilisovelluksena (Android ja iPhone) sekä käytettävissä tietokoneella osoitteessa https://inaturalist.laji.fi/

Uudet havainto- ja kokoelma-aineistot Laji.fi:ssa

Lajitietokeskuksen tietovarastoon on lisätty toukokuun alun jälkeen yli 750.000 uutta havaintoa n. 10.000 lajista. Näistä suurimpia ovat olleet:

• Maalintujen pistelaskennat: 343.000 havaintoa (uusi aineisto; Luomus)
• iNaturalist Suomi: 98.000 havaintoa
• Vihko: 74.000 havaintoa
• Rengastus- ja löytörekisteri: 65.000 havaintoa
• Luomuksen putkilokasvikokoelmat: 27.000 havaintoa
• Vesilintulaskennat: 17.000 havaintoa (uusi aineisto; Luke ja Luomus)

Havainnot tehokkaampaan viranomaiskäyttöön

Lajitiedon saatavuus ja liikkuvuus viranomaisten välillä paranee. SYKE, Luke ja Metsähallitus ovat nyt virallisesti sopineet jakavansa lajitietoa Lajitietokeskuksen kautta. Käytännössä tämä tarkoittaa että viranomaiset pääsevät käsiksi havaintotietoihin suoraan Lajitietokeskuksen ns. viranomaisportaalin kautta, sen sijaan että tietoja jaettaisiin monia eri kanavia pitkin. Myös Lajitietokeskuksen muuta kautta (esim. Vihkosta, iNaturalistista tai museokokoelmista) kokoamat havaintotiedot ovat viranomaisten käytettävissä. Kun tieto on helposti saatavissa, lajien esiintymät ja sopivien elinympäristöjen säilyttäminen voidaan ottaa huomioon maankäytön suunnittelussa entistä paremmin. Viranomaisportaalin ensimmäinen versio julkaistiin kesäkuussa.

Viranomaisten lajitietoa voivat käyttää edellisten lisäksi myös ympäristöministeriö, maa- ja metsätalousministeriö, ELY-keskukset, Suomen metsäkeskus, Suomen riistakeskus, Ruokavirasto ja jatkossa esimerkiksi kunnat.

Samalla viranomaisten lajitietoa avataan myös kaikille avoimessa Laji.fi-portaalissa, kunkin aineiston haltijan päättämässä laajuudessa.

Ohjelmointirajapinnat käytettävissä

Lajitietokeskuksen ohjelmointirajapintojen (API) avulla kuka tahansa ohjelmointia osaava voi rakentaa omia sovelluksiaan, jotka voivat hyödyntää havaintodataa ja muita Laji.fi-palveluja.

Avasimme mahdollisuuden käyttää Lajitietokeskuksen käyttäjähallintaa kätevästi myös mobiilisovelluksissa (ja muissa ns. natiivisovelluksissa.) Tämän avulla voi kehittää esim. uusia työkaluja havaintojen tallentamiseen.

• Ohje käyttäjähallintaan (englanniksi)
• Rajapintoihin liittyvät yleiset ohjeet (englanniksi)

Kotka-kokoelmienhallintajärjestelmä

Kotka on järjestelmä kaikille Suomen luonnontieteellisille museoille ja kasvitieteellisille puutarhoille näyte- ja elävien kokoelmien hallintaan. Se on yksi Lajitietokeskuksen primäärijärjestelmistä ja sinne tallennetut näytteet näkyvät avoimena tietona Laji.fi:ssä.

Kotkaan tehtyjä parannuksia ja muutoksia:

• Kotkan testiympäristö on siirretty uudelle tehokkaammalle palvelimelle (vanhat yhteiskäyttöiset testitunnukset eivät enää toimi, joten jos tarvitset pääsyn Kotka-testiin etkä pääse kirjautumaan omilla tunnuksillasi, ota yhteyttä kotka@luomus.fi saadaksesi uudet yhteiskäyttötunnukset)
• Kotkaan voi nyt kirjautua laji.fi-tunnistautumisella, joten Luomus-tunnusten tarve vähenee myös yliopistojen ulkopuolisilla käyttäjillä
• Transaktioiden (lainojen) liitteiden sallittu koko on nostettu 2 mb per liite
• Transaktio-lomakkeelle on lisätty kentät vastaanottavan tutkijan nimen ja lainan palautuspäivän kirjaamiselle ja kuvalainojen kirjaamiseen uusi Transaction type-vaihtoehto ”virtual loan” ja Sent by -vaihtoehto ”image(s)”
• Organisaation tietoihin ja sitä kautta transaktioista luotaville PDF-tiedostoille on mahdollista lisätä oman instituutin logo. Tiedostoihin tehtiin lisäksi pari pienempää parannusta.
• Botanical-lomakkeelle on lisätty kenttä ”Plant status” kasvin statuskoodin tallentamiseen (on käytössä mm. Kastikassa)
• Puutarhan Accession ja event –lomakkeille lisätty kenttiä ja pudotusvalikoiden vaihtoehtoja siemenpankin tietojen kirjaamiseen

Työn alla

Jatkamme Laji.fi-portaalin, Vihkon ja muiden palvelujen parantamista osa kerrallaan, mutta kesäaikaan tavallista hitaammin. Lähikuukausina työskentelemme etenkin seuraavien aihepiirien parissa:

• Metsähallituksen LajiGIS-tietokannan tietojen tuonti Laji.fi:hin.
• Havaintojen massatallennuksen parantaminen sekä laajentaminen tukemaan suurempien aineistojen tallennusta.
• Taksonomiaan liittyvien ominaisuuksien parantelu sekä uusien nimistöjen tuominen järjestelmään. (Tarkemmin edellisessä tiedotteessa.)
• Matriisiformaatti havaintojen tallentamiseen, perustuen päiväperhosseuranta varten tehtyyn havaintolomakkeeseen.
• Laji.fi-portaalin tekninen parantelu, joka helpottaa ylläpitoa ja kehittämissä jatkossa, sekä tekee palvelusta nopeamman.
• Vieraslajit.fi -portaalin uudistaminen. Luonnonvarakeskus Luke työskentelee portaalin sisällön parissa vielä ennen sen julkaisemista.
• Olemme mukana projekteissa, joissa kehitetään työkaluja lepakoiden (BatLab Finland) ja lintujen äänien (LIFEPLAN) automaattiseen tunnistamiseen tekoälyn avulla. 
• Näytteiden digitointiprosessien ja tiedon jakamisen jatkuva kehittäminen, mm. osana kansainvälisiä Synthesys+ ja DiSSCo Prepare -hankkeita.