Protax

Tällä Protax-sovelluksella voit tunnistaa suomalaisia hyönteisiä FASTA-muotoisen COI1 DNA -sekvenssien avulla. Se ei osaa tunnistaa muita lajiryhmiä kuin hyönteisiä.

Liitä DNA-sekvenssidata (FASTA-formaatissa) alla olevaan tekstikenttään tai valitse tiedosto tiedostovalitsimen avulla.

.

Lue tarkemmin Protaxista ja tulosten tulkinnasta

Ohjeet

(1) Valitse joko kokopitkä tai Leray-alukkeiden rajaama CO1 malli

Tämän valinnan perusteella tunnistin käyttää mallia joko kokopitkälle CO1-alueelle (658 bp) tai Leray-alueelle (313 bp). Jos käyttäjä ei ole varma siitä että hänen sekvenssinsä edustavat vain Leray-aluetta, kannattaa käyttää kokopitkän sekvenssin mallia. Kokopitkä malli toimii myös Leray-alueelle, suurimpana erona on että Leray-alueen spesifi malli toimii nopeammin.

Voit kokeilla esimerkkejä: 10 sekvenssiä, 100 sekvenssiä tai 6486 sekvenssiä

(2) Valitse todennäköisyyden kynnysarvo väliltä 0-1 ja Minimi overlap väliltä 1-500

Jokaiselle syötesekvenssille lasketaan todennäköisyydet Suomen hyönteisten taksonomiaa vastaan. Ainoastaan ne taksonit raportoidaan käyttäjälle, joiden todennäköisyydet ylittävät annetun kynnysarvon. Jos kynnysarvo on hyvin matala, tulostiedostosta voi tulla hyvin suuri.

Lyhin sallittu päällekkäisyys linjatun syöte- ja referenssisekvenssin välillä. Vaikka parittainen sekvenssien välinen etäisyys lasketaan globaalin linjauksen yli, linjauksen pituuteen otetaan mukaan ainoastaan positiot, joissa kummassakaan sekvenssissä ei ole aukkoja. Joistain referenssisekvensseistä puuttuu alkuja, joiden seurauksena linjaukset voivat olla hyvinkin lyhyita jos syötesekvenssi kattaa ainostaan COI-geenin alun. Asettamalla kynnysarvo linjauksen pituudelle, voidaan nämä lyhyiden linjausten aiheuttamat vaikutukset jättää pois tuloksista.

(3) Anna syötteeksi 1-2000 CO1 sekvenssiä FASTA-muodossa joko kopioi-Liitä menetelmällä tai valitsemalla tiedosto

Syötesekvenssien tulee edustaa samaa DNA-juostetta kuin FinBOL-tietokannan sekvenssit (forward-alukkeen suunta standardi CO1 alueen PCR:ssä). Tiedoston suurin sallittu koko on 4MB, mikä vastaa 6000-7000 sekvenssiä.

Klikkaa Tunnista, niin saat zip-tiedoston jonka sisällä on kaksi tiedostostoa:

Tekstitiedosto jossa on tunnistettujen taksonien nimet ja todennäköisyydet kullakin taksonomian tasolla. Jokaisen syötesekvenssin tunnistukset on omilla riveillään.HTML-tiedosto jossa tunnistustulokset esitetään visuaalisena Krona-taulukkona

4 megatavun kokoisen syötetiedoston analysointi kestää noin minuutin.