Nippoleucon hinumensis on korkeintaan noin 5 millimetrin pituinen, kuuppaäyriäisten lahkoon (Cumacea) kuuluva kuoriäyriäinen. Kuuppaäyriäisten ruumiinmuoto on nuijamainen: takaruumis on kapea ja tasapaksu, pään ja keskiruumiin muodostama etuosa puolestaan soikean pullea tai munamainen. Päätä peittää sileä selkäkilpi eli carapax, joka sitä seuraavien keskiruumiin leveiden ensimmäisten jaokkeiden kanssa muodostaa ikään kuin kuupan tai kauhan, jonka vartena on kapea takaruumis. Kilven etureunassa on lyhyt, lajille tunnusomainen, naaraalla jyrkästi ylös etuviistoon osoittava valeotsapiikki. Koiraan otsapiikki on naaraan piikkiä tylpempi ja lyhyempi.

Viiteen näkyvään keskiruumiin jaokkeeseen liittyvät kuhunkin lyhyehköt, tukevanoloiset rintaraajaparit. Hyvin kapeassa takaruumiissa on kuusi liereää jaoketta, muttei raajapareja. Ruumiin päättää pari tanakoita, kaksihaaraisia pyrstöraajoja, uropodeja. Niiden välistä puuttuu kiilamainen pyrstön päättökilpi, telson, joka osalla muista kuuppaäyriäisislajeista on.

Japaninkuuppaäyriäisellä ei ole lainkaan silmiä. Tuntosarvet ovat vaatimattomat. Naaralla niitä on vain yksi pari, ne ovat lyhyet, vain 3-jaokkeiset. Koirailla on kahdet tuntosarvet, ylemmät lyhyet kuten naaraan, mutta alemmissa on viisi tyvijaoketta ja niiden jatkeena rihmamainen 12-jaokkeinen flagellum. Lisääntyessään naaras kantaa munia vatsapuolella rintaraajojen välissä.

Japaninkuuppaäyriäinen edustaa omaa äyriäislahkoaan (Cumacea, kuuppaäyriäiset), jota ei Suomen vesillä entuudestaan esiintynyt. Niiden sukulaisia ovat mm. massiäyriäiset (Mysida). Massiäyriäisillä on samaan tapaan selkäkilpi ja pitkä kapea takaruumis, mutta ne ovat suurempia (10-20 mm), hyvin suurisilmäisiä ja niillä on kahdet erittäin pitkät tuntosarvet.

Vaikka Cumacea-lahko on Suomelle uusi, lähivesiltä tunnetaan kaksi muuta kuuppaäyriäislajia. Merikuuppaäyriäinen Diastylis rathkei on Atlantin laji, joka elää myös keskisen Itämeren syvännealueilla. Sen pyrstöraajojen välissä on erillinen piikkimäinen telson eli päättökilpi, joten pyrstö on ikään kuin kolmihaarainen. Pietarin vesiltä Suomenlahden pohjukassa kerran havaitulta, Kaspianmeren-Mustanmeren alueelta ilmeisesti kanavareittejä tulleelta kaspiankuuppaäyriäiseltä Stenocuma graciloides puuttuu pyrstön päättökilpi takaruumiin kärjestä. Japaninkuuppaäyriäisen erottaa muista lajeista etenkin ylös etuviistoon osoittava valeotsapiikki, joka muilla lajeilla on pieni ja vaakatasossa. Lisäksi japaninkuuppaäyriäisen selkäkilpi on lyhyt ja sileä, ilman kaarevia pitkittäissaumoja, jotka edellä mainituilla muilla lajeilla on.