Murtovesisieni ei haaro ja on väriltään harmahtava tai kellanruskea, ei vihreä. Sen muoto ja väri kuitenkin vaihtelevat, mikä tekee määrityksestä epävarmaa.

Sisävesissä esiintyvä järvisieni (Spongilla lacustris) on yleensä väriltään kellertävä tai vihreä ja haarova.

Sienieläinten tarkka lajintunnistus tapahtuu tukirangan ja gemmuloiden spikuloiden (pylväsneulaset, megasclere, > 60 μm ja kudosneulaset, microsclere, <60 μm) mikroskooppisten rakenteiden avulla.

Ephydatia-suvun sienieläimiltä pienemmät kudosneulaset (microsclere) puuttuvat kokonaan.

Murtovesisienen (E. fluviatilis) suuret spikulat ovat sileitä mutta hiukan kaarevia, müllerinsienen (E. muelleri) useimmiten ryhmypintaisia.

Järvisienen suuret pylväsneulaset, ovat sileitä ja lähes suoria, kudosneulaset ryhmypintaisia.

Katso esim. Tiiu Roovere et al. (2006): Freshwater sponges in Estonia: genetic andmorphological identification

Ephydatia fluviatilis