Kotikataja on tavallisesti 0,5-3 (10) metrin korkuinen ainavihanta havupensas. Etelä-Suomessa se usein kasvaa noin viisi metriseksi pikkupuuksi. Kotikatajan vanhimmat oksat ja runko ovat suokaleina irtoavan harmaan kuitukaarnan peitossa. Kotikatajan neulasmaiset monivuotiset lehdet ovat pistävän teräväkärkisiä ja ne kiinnittyvät oksaan kolmen neulasen ryhminä. Neulaset ovat 5-20 mm pitkiä ja yläpinnaltaan kouruiset ja valkea juovaiset.

Tuulipölytteinen kotikataja kukkii alkukesällä, touko-kesäkuussa. Kaksikotisen kasvin emi- ja hedekukinnot syntyvät eri kasveihin. Pölytyksen jälkeen emikäpyjen peitinsuomut kasvavat yhteen ja käpy muuttuu marjamaiseksi. "Katajanmarja" on siis todellisuudessa pienoiskäpy, jossa kolmekäpysuomua on kasvanut yhteen. "Katajanmarjat" ovat ensimmäisenä kesänä kellertäviä, sitten vihreitä ja usein vasta kolmantena kesänä sinisiä ja vahapeitteisiä. Ne ovat 4-10 mm pitkiä ja kussakin "marjassa" on 1-3 siementä.

Suomessa kasvaa myös kaksi kotikatajan alalajia, metsäkataja (subsp. communis) ja lapinkataja (subsp.nana). Välimuodot ovat tavallisia alalajien yhteisellä esiintymisalueella.

En – Juniperus communis