Etelänruttojuuren 15-40 cm pitkät kukintoversot nousevat maasta keväällä, huhti-kesäkuussa. Etelänruttojuuren kukinto on terttumainen mykeröstö. Hedemykeröiden kaikki kukat ovat torvimaisia ja tavallisesti väriltään syvän sinipunaisia. Kukinnan loppuvaiheessa ilmaantuvat vihreät ruusukelehdet, jotka kasvavat kesän mittaan kokoa jopa metrin levyisiksi. Etelänruttojuuren lehden lapa on herttamainen, kulmikas ja alta tiheäkarvainen, ja muistuttaa hieman raparperin lehtiä.

Etelänruttojuuren sukulaisen, japaninruttojuuren (P. japonicus ssp. giganteus), kukat ovat kellertäviä, ja myös siitä on Suomessa ainoastaan hedekasveja. Molemmat lajit ovat siis meillä vieraslajeja, eikä tiettävästi kumpikaan niistä tee meillä siementä. Japaninruttojuuren lehtilapa on pyöreämpi kuin etelänruttojuurella. Vierasperäiset ruttojuuret voi sekoittaa pohjoisessa alkuperäisenä esiintyvään pohjanruttojuureen (P. frigidus) ja tiettävästi vain yksittäisillä paikoilla Helsingissä, Kotkassa ja Ahvenanmaalla kasvavaan, uhanalaiseen rantaruttojuureen (P. spurius). Vierasperäiset lajit ovat selkeästi suurempia ja niiden lehdet ovat pyöreämpiä kuin pohjan- tai rantaruttojuurella. Lisäksi kukinnot eroavat: etelän- ja japaninruttojuurella kaikki kukat ovat torvimaisia, kun pohjan- ja rantaruttojuurella on lisäksi laidalla rivi kielimäisia kukkia.

Etelänruttojuuri – Petasites hybridus