Kesän aikana Lajitietokeskuksen kehitystyö on keskittynyt etenkin pienempien parannusten ja korjausten tekemiseen, mutta myös muutamia suurempia uusia ominaisuuksia on tehty. Tässä yhteenveto edellisen tiedotteen (19.6.2019) jälkeen tehdyistä uudistuksista.

Laji.fi

Lajien tietosivuilla sekä Selaa havaintoja -osion Tilastot -välilehdeltä löytyy vuodenaika- ja vuosikaavioita. Niitä uudistettiin siten, että vuodenaikakaaviossa voi nyt valita näytettävät kehitysasteet (klikkaa selitettä), jotta esimerkiksi "kaikki" sarakkeen voi kytkeä pois päältä nähdäkseen tarkemmin vaihtelun ilmoitettujen kehitysasteiden välillä. Kaaviot myös toimivat nyt paremmin mobiililaitteissa.

Lajiluettelon tulostaulukkoon voi valita sarakkeiksi havaintojen ja suomalaisten havaintojen määrän. Tämän avulla voi esim. vertailla lähilajien yleisyyttä havaintomääriin perustuen. Sarakkeet valitaan luettelon otsikkorivin ratasikonia klikkaamalla.

Lisäksi tehtiin lukuisia korjauksia mm.

• Karttaikkunan kokoon
• Ylempien taksonen näyttämiseen mobiililaitteissa
• GBIF-karttaan
• Hakufiltterien toimintaan

Vihko-havaintojärjestelmä

Havaintoja syötettäessä (esim. retkilomakkeella) voi nyt valita mitkä kentät havaintorivillä näytetään. Vihko muistaa valinnan. Tässä oli vika pidemmän aikaa, mutta nyt kenttiä voi itse säätää seuraavalla tavalla:

1. Oletuksena kunkin lajiryhmän (esim. hyönteiset, linnut, sienet jne.) havaintorivillä näytetään valikoima tälle ryhmälle hyödyllisiä kenttiä.
2. Voit valita mitä kenttiä näytetään tai ei näytetä klikkaamalla oikean reunan ratasikonia.
3. Valinta pitää tehdä kullekin lajiryhmälle ja lomakkeelle erikseen. Esim. retkilomakkeella ja sienilomakkeella voi valita eri kentät sienihavainnoille. (Kannattaa huomata, että myös Hatikasta ja Hyönteistietokannasta tuoduille havainnoille on oma "lomakkeensa", joten jos muokkaat tällaisia vanhoja havaintoja, valinta on näillekin erillinen.)
4. Valinta tallentuu selaimeen. Jos käytät useaa eri selainta (esim. sekä töissä että kotitietokoneella), pitää valinta tehdä kullekin erikseen.

Vihkoon lisättiin alkukesällä mobiililomake. Se löytyy Vihkon etusivulta ja on tarkoitettu käytettäväksi nimenomaan puhelimella maastossa. Mobiililomaketta on parannettu monin tavoin, ja parantelu jatkuu edelleen. Testailkaa ja kokeilkaa!

Massatallennuspohjassa koordinaatit ja päivämäärät voi nyt kirjata useampaan sarakkeeseen jaoteltuna. Vihkon Työkalut -osiosta löytyy massatalennuspohjan luonti ja lataaminen. Ennen tätä muutosta massatallennuspohjassa oli käytettävissä ainoastaan kentät, joihin piti kirjoittaa koordinaatit tietyssä (vaikeassa) muodossa yhteen sarakkeeseen ja koko päivämäärä omaan sarakkeeseensa. Nyt muutoksen jälkeen:

• Koordinaatit voi tallentaa kolmeen erilliseen sarakkeeseen: pohjoiskoordinaatti (latitude), itäkoordinaatti (longitude) ja koordinaattijärjestelmä. Järjestelmistä tuetaan yhtenäiskoordinaatteja (YKJ) ja WGS84-desimaaliasteita. Lisäksi kannattaa täyttää Koordinaattien tarkkuus metreinä -kenttä!
• Päivän, kuukauden ja vuoden voi tallentaa erillisiin sarakkeeisiinsa.

Vihkoon lisättiin tuki ETRS-GK -koordinaatistolle. Tämän tyyppisiä koordinaatteja voi tallentaa massatallennuspohjalla ja kartan kautta.

Kuvien lataamista Vihkoon on nopeutettu.

Lisäksi tehtiin korjauksia mm.

• Karttatyökaluun
• Suurten havaintomäärien tallennukseen tiedostona
• Koordinaattien tuontiin kartalle
• Ulkomaisten omien paikkojen karttanäkymään
• Vihkossa tehtiin muutamia ulkoasu-uudistuksia, mm. etusivulla. Tämä oli vasta ensimmäinen askel ja jatkamme tulevaisuudessa Vihkon ja Laji.fi ulkoasun ja käyttöliittymän parantamista.

Seuranta- ja tutkimusprojektit

Kesän aikana Vihkoa on käytetty useiden seurantahankkeiden apuna ja näihin liittyviä työkaluja on paranneltu. 

Havaintoja vieraslajeista kerätään ViekasLIFE-projektin osana sekä Vihkon (vieraslajien havaintolomake ja kaikki muutkin lomakkeet) että hankkeen verkkosivujen kautta. 

Lintujen linjalaskentajärjestelmään on tehty useita parannuksia ja vanhempien tietojen korjauksia. Linjalaskentojen avulla seurataan Suomen linnuston muutoksia perustuen yli viidelläsadalla vakiodulla laskentareitiltä ilmoitettuihin havaintoihin.

Myös alkukesällä käynnistyneet lajien seuranta maitotiloilla sekä ja Lukiolaiset lepakkotutkijoina -hanke ovat jatkuneet kesän ajan.

Muut järjestelmät

Lajitietokeskuksen työn osana kehitetään uutta versiota vieraslajit.fi-portaalista. Vieraslajien torjuntaan tekevän ViekasLIFE-hankkeen verkkosivusto julkaistiin kesän alla. Hankkeessa tehtävät torjuntatoimet kirjataan Vihkoon seurantaa ja raportointia varten.

Punaisen kirjan verkkosivut toteutettiin myös ruotsin kielellä.

Lajitietokeskus on kehittänyt järjestelmää, jolla tehdään ja hyväksytään aineistopyyntöjä. Tästä järjestelmästä on julkaistu uusi versio. Järjestelmän avulla tutkijat ja muut aineistosta kiinnostuneet voivat pyytää käytettäväkseen myös Lajitietokeskukseen kerättyjä käyttörajoitettuja aineistoja (mm. sensitiiviset ja tutkimusaineistot). Kunkin aineiston omistaja päättää pyyntöjen hyväksymisestä tai hylkäämisestä. Järjestelmän avulla mahdollistetaan mm. julkisuuslain velvoite tietojen saatavuudesta.

Kotka-kokoelmienhallintajärjestelmä

Kotka on järjestelmä kaikille Suomen luonnontieteellisille museoille ja kasvitieteellisille puutarhoille näyte- ja elävien kokoelmien hallintaan. 

LabelDesigner-etikettityökaluun on tehty monia uusia ominaisuuksia ja korjauksia. Myös uutta Nagoyan protokollan vaatimuksiin vastaamaan kehitettyä Permits-osiota on paranneltu soveltumaan useampiin erilaisiin tilanteisiin. Kotkan puutarhatoimintoihin on alettu tehdä muutoksia, jotka mahdollistavat järjestelmän käyttöönoton muilla kuin Luomuksen kasvitieteellisillä puutarhoilla. Esimerkiksi Turun yliopiston kasvitieteellinen puutarha Ruissalossa on aikeissa siirtää elävien kokoelmien hallinnan vanhasta järjestelmästään Kotkaan. Kotkan käyttöohjeiden päivitys on aloitettu.

Taksonomia

Suomen eliölajien lajiluetteloa päivitetään. Työ jatkuu tämän vuoden loppuun saakka. Vuoden 2020 alussa julkaistaan uusi vuosiversio.

Työn alla

Tällä hetkellä työskentelemme etenkin seuraavien aihepiirien parissa:

• Uuden annotaatioijärjestelmän kehittäminen: Tämän avulla havaintoihin voidaan liittää nykyistä monipuolisemmin kommentteja, laatuluokituksia ja muita merkintöjä. Uusi järjestelmä on suunniteltu, suuri osa taustajärjestelmistä toteutettu ja tällä hetkellä kehitetään uutta laji.fi käyttöliittymää kommenttien ym. tekemiseen.
• Dokumentaatio: Laji.fi:n ja datan jakamisen dokumentointi sekä Vihkon käyttöohjeiden parannus.
• Vihkon käyttöliittymän ja ulkoasun uudistuksia jatketaan. Tavoitteena on tehdä havaintojen tallentamisesta helpompaa uusille käyttäjille ja sujuvampaa aktiivikäyttäjille.
• Kehitämme tekoälyä, joka tunnistaa automaattisesti lepakkolajeja äänitteistä. Tätä tehdään osana Lajitietokeskuksen saamaa FIRI-tutkimusrahoitusta ja osana "Lukiolaiset lepakkotutkijoina" hanketta.
• Havaintojen (myös omien) helpompi hakeminen tiedostoksi. (Esko: Ei ole aktiivisesti työn alla) (Mikko: laitoimme tämän elokuun työlistalle)
• Kehitämme kirjastoa R-kielelle, jonka avulla on helppo käyttää Lajitietokeskuksen API:n (ohjelmointirajapinta) tietoja R-analyyseissä.
• Kotka -kokoelmajärjestelmään kehitämme Luomuksen kasvitieteellisen puutarhan siemenpankkiin liittyviä toiminnallisuuksia.
• Kotkaan tallennetut DNA-näytetiedot tuodaan esille ja haettavaksi laji.fi-portaaliin erityisesti tutkijoiden käyttöön.
• Vihkon avulla suunnitellaan toteutattavaksi uusia seuranta- ja kartoitushankkeita. Suunnitteilla ensi vuodeksi ovat mm. niittyjen hoitotoimien vaikutusten arviointi ja liito-orava-kartoitukset. Tällaisia hankkeita toteutetaan usein erillisellä rahoituksella (esim. EU-hankkeet ja tutkimushankkeita rahoittavat säätiöt), mutta niissä toteutettavat uudet ominaisuudet ovat Vihkon kautta muidenkin käytettävissä.
• Pidemmällä tähtäimellä teemme jatkuvasti työtä uusien tietoaineistojen lisäämiseksi tietovarastoon ja laji.fi -portaaliin haettavaksi. Teemme tässä yhteistyötä sekä suomalaisten että kansainvälisten organisaatioiden kanssa.

Lajitietokeskuksessa tehtävät tietojärjestelmät ovat suurelta osin avointa lähdekoodia. Kehitystä voi seurata yksityiskohtaisella teknisellä tasolla Lajitietokeskuksen koodiarkistoissa.

Lajitietokeskuksen toimintaa ja järjestelmiä esitellään Biodiversity NEXT -konferenssissa, joka pidetään lokakuussa Alankomaissa. Esitelmien ja posterien lyhennelmät on jo julkaistu Biodiversity Information Science and Standards -julkaisussa:

• FinBIF: An all-embracing, integrated, cross-sectoral biodiversity data infrastructure
• Finnish Biodiversity Information Facility - Improving the Taxonomic Coverage and Deepening the Information Content Through Collaboration
• ‘As Open as Possible, as Closed as Necessary’ – Managing legal and owner-defined restrictions to openness of biodiversity data
• Managing taxon data in FinBIF
• Notebook: Customizable web forms for recording observations
• Species Threat Assessment Tool and Online Result Service in FinBIF
• Kotka - A National Multi-purpose Collection Management System
• Database Tools to Meet the Nagoya Protocol Requirements in a Collection Management System
• Practical Tools for Collection Managers: Label designer, Annotation Tools and a QR Code Reader
• Automated Methods in Digitisation of Pinned Insects
• Luomus’ Genomic Resources Collection Available as Open Data Through FinBIF