Lajitietokeskuksen kehitystiedote 2/2021
05.02.2021 13:09 - Mikko Heikkinen

Luonnontieteellinen keskusmuseo Luomus kehittää ja ylläpitää Suomen Lajitietokeskuksen palveluja. Rakennamme työkaluja tutkijoille, viranomaisille, luontoharrastajille sekä suurelle yleisölle ja opetuksen tarpeisiin. Tässä yhteenveto edellisen tiedotteen (12/2020) jälkeen tehdyistä uudistuksista, uusista palveluista ja seuraavaksi työn alla olevista asioista.

Merkittävä osa tekemästämme työstä on viime kuukausina liittynyt vanhojen palvelintietokoneiden poistamiseen ja niillä toimivien järjestelmien uudistamiseen. Lajitietokeskuksen palveluissa tämä näkyy vähitellen parantuneena toimintavarmuutena ja nopeutena. 

Olemme myös siirtyneet käyttämään GitHubia aiempaa enemmän ohjelmistokoodin ylläpidossa. Jos tekninen kehitys kiinnostaa, voit tutustua siellä esim. Laji.fi:n tulossa oleviin muutoksiin. Kaikkia komponentteja ei ole vielä siiretty GitHub:iin, vaan osa majailee yhä Bitbucketissa.

Laji.fi

Laji.fi:ssa voit tutustua lajeihin ja niiden esiintymiseen sekä selata havaintoja suomalaisista lajitietokannoista.

Havaintojen haku tietoaineistojen perusteella on nyt monipuolisempi ja selkeämpi. Aineistoja voi selata hierarkian mukaan, ja niitä voi hakea sanahaulla. Luettelo myös näyttää aineistojen karkean havaintomäärän.

Havaintojen rajaus aineistolla löytyy Selaa havaintoja -osion oikeanpuoleisesta valikosta kohdasta Aineistot > Rajaa aineistolla.

Havaintohakutaulukkoon saa mukaan lajin taksonomisen järjestyksen ja uhanalaisuusluokan.  Taulukon voi myös järjestää taksonomiseen järjestykseen. Nämä sarakkeet ovat valittavissa Laji.fi Selaa havaintoja osion Luettelo-välilehdeltä: "Valitse luettelon sarakkeet".

Lisäksi Laji.fi:hin ja muihin lajitietokeskuksen palveluihin tehtiin lukuisia pieniä parannuksia ja yli 20 bugikorjausta. Esimerkkejä näistä:

  • Haku hallinnollisilla ominaisuuksilla vaatii nyt kaikkien hakuehtojen täsmäämistä (eli on JA-haku aiemman TAI-haun sijaan) 
  • Erilaiset nimet näytetään lajisivuilla yhdessä laatikossa, esim. harjumuurahainen.
  • Parannuksia visuaaliseen ulkoasuun, esim. uutissivuilla
  • Lajinimien valintaan ja käyttöön tehtiin parannuksia. Työ näiden parissa jatkuu edelleen pieni pala kerrallaan.
  • Lajeille voidaan nyt lisätä myös epävirallisia mutta usein käytettyjä nimiä, jotka myös näytetään lajisivuilla, ja joita voi käyttää havaintojen haussa ja tallennuksessa.

Lajitietokeskuksessa olevia arkaluontoisia tai muuten käyttörajoitettuja aineistoja voi pyytää saatavaksi esim. tutkimuskäyttöön tekemällä niistä aineistopyyntö. Tämän jälkeen kunkin aineiston omistaja päättää luovutetaanko havaintoja pyynnön tekijälle. Tämä tapahtuu ns. aineistopyyntöjärjestelmän kautta. Aineistopyyntöjärjestelmästä on julkaistu uusi versio, joka monella tapaa nopeuttaa ja selkeyttää pyyntöjen käsittelyä aineistojen omistajille.

Laji.fi-portaaliin kerätään automaattisesti julkaisuja, joissa Lajitietokeskus on mainittu (FinBIF, Finnish Biodiversity Information Facility). Julkaisut löytyvät etusivulta ja omalta luettelosivultaan.

Vihko

Vihko on havaintotietokanta, johon voit tallentaa luontohavaintojasi sekä osallistua seuranta- ja kansalaistiedehankkeisiin. Se on yksi Lajitietokeskuksen primäärijärjestelmistä ja sinne tallennetut näytteet näkyvät avoimena tietona Laji.fi:ssä.

Vihkoon tallennettavien kuvien ja äänitteiden tekijän nimen ja käyttöoikeuslisenssien oletusarvojen valinta muuttui. Kun tallennat kuvia ja äänitteitä Vihkon avulla, kuvan yhteyteen kirjataan nimesi ja kuvan/äänitteen käyttöoikeuslisenssi. Voit nyt kirjata nämä tiedot omaan profiiliisi, josta ne tulevat automaattisesti kaikille tallentamillesi uusille kuville ja äänitteille (teoksille). (Profiiliisi pääset kirjautumalla sisään, ja klikkaamalla tätä linkkiä tai oikeasta yläkulmasta omaa nimeäsi ja valitsemalla Profiili ja Muokkaa.)

Jos haluat jollekin yksittäiselle teokselle eri nimen tai lisenssin, se onnistuu muokkaamalla ko. teoksen tietoja teoksen lisäämisen yhteydessä.

Oletusarvona kuviin tulee nimeksi etunimi ja sukunimi ja lisenssiksi kaikki oikeudet pidätetään, ellet käy muuttamassa näitä arvoja profiilissasi. Pelkän nimesi lisäksi voit kirjata profiiliin myös tarkemman tekijätekstin, jos haluat kuvan yhteyteen näkyville esimerkiksi tarkennuksen tai oman valokuvasivustosi osoitteen, esim. Maija Meikäläinen, maijankuvat.fi.

Lajitietokeskus suosittelee aineistopolitiikassaan avointa tietoa ja Creative Commons Nimeä -lisenssin käyttöä, koska se sallii teosten joustavimman käytön.

Pieniä muutoksia ja parannuksia:

  • Mobiililomakkeella tallennettavat havainnot voi karkeistaa ja havainnoijan nimen salata
  • Lajinimi-pudotuvalikon toimintaan pieniä muutoksia, jotka vähentävät riskiä valita väärä taksoni vahingossa
  • Seurantaprojektien sivupalkki toimii paremmin mobiililaitteilla
  • Vihkon ohjelmakoodia on uusittu runsaasti, jotta uusien seurantaprojektien lisääminen on sujuvampaa ja projektit ovat toiminnaltaan ja ulkoasultaan yhdenmukaisempia (mutta silti laajasti kustomoitavissa)

Liituri-mobiilisovellus

Julkaisimme Liituri-mobiilisovelluksen (Android) Liito-oravahavaintojen tallentamiseen Liito-orava Life -hankkeeseen. Sovellus on tarkoitettu hankkeessa mukana oleville viranomaisille ja järjestöille. Sovelluksen pohjalta olemme tekemässä myös kaikille avointa havaintosovellusta.

Liituri mobiilisovelluksen avulla on kätevä kirjata havaintoja liito-oravien pesäpaikoista ja muista jäljistä.

Suomen eliölajien lajiluettelo 2020

Lajitietokeskus ylläpitää Suomen kansallista lajiluetteloa, joka on julkisesti käytettävissä Lajitietokeskuksen Laji.fi-portaalin kautta. Luettelosta julkaistaan vuosittain viittauskelpoinen muuttumattomana pidettävä versio. Lajiluettelo 2020 julkaistiin tammikuussa. Siinä on mukana hieman yli 41 000 Suomessa esiintyvää lajia. 

Lajiluettelossa yhdistetään lajikäsitteet käytössä olleisiin nimiin. Jokaiselle taksonille on annettu yksilöllinen tunniste, joka ei muutu, mikäli lajikäsitys ei muutu. Lajiluettelon vuosiversiossa 2020 on toista kertaa dokumentoitu vuoden aikana tapahtuneet muutokset. 

Kerttu

Uusi kansalaistiedehanke opettaa tietokoneelle lintuharrastajien osaamisen lintujen äänten tunnistuksessa. Kerttu-sovelluksessa lintuharrastajat tuottavat opetusaineistoa koneoppimista varten ja voivat samalla kehittää omia tunnistustaitojaan sekä perehtyä äänten tarkastelun menetelmiin.

LIFEPLAN-hanke pyrkii maailmanlaajuisen biodiversiteetin ja sitä säätelevien tekijöiden ymmärtämiseen. Kerttu on LIFEPLANin, Lajitietokeskuksen ja Luomuksen toteuttama yhteistyössä BirdLife Suomen kanssa.

Vieraslajiportaali uudistettiin

Vieraslajitiedon pääkanava Vieraslajit.fi uudistui. Sivusto on toteutettu yhteistyössä Lajitietokeskuksen ja Luonnonvarakeskuksen (Luke) kanssa.  

Sivustolla on kattavasti tietoa vieraslajeista tunnistus- ja torjuntaohjeineen. Käyttäjät pääsevät ilmoittamaan havaintoja ja tarkastelemaan lajeista ilmoitettuja havaintoja kartoilla. Palvelusta löytyvät EU:n ja kansallisen luettelon vieraslajit, sekä tietoa lainsäädännöstä ja hallintasuunnitelmista. Sivustolla julkaistaan myös uutisia ja kootaan yhteen muiden tuottamaa vieraslajitietoa.

Uudet havainto- ja kokoelma-aineistot Laji.fi:ssa

Lajitietokeskuksen tietovarastoon on lisätty joulukuun alun jälkeen 400.000 uutta havaintoa 11.000 lajista

Havaintomäärältään eniten kasvaneita aineistoja ovat:

  • Vihko-havaintopalveluun tallennettuja havaintoja 78.000 kpl (pääosin perhosia vuodelta 2020)
  • Lintujen rengastuksia ja löytöjä Luomuksen Tipu-järjestelmästä 66.000 kpl
  • Luomuksen putkilokasvikokoelman havaintoja 60.000 kpl
  • Luomuksen Itä-Fennoskandian perhoset -kokoelman digitoituja näytteitä 51.000 kpl 

Aineistopankki

Avasimme uuden Aineistopankki-palvelun, johon voidaan tallentaa erilaisia havaintoaineistoja Laji.fi-portaalissa julkaistavaksi. palvelu on suunnattu esimerkiksi tutkimusryhmille, viranomaisille tai työryhmille, jotka haluavat saattaa havaintoaineistonsa yhteiseen käyttöön. Aineistopankkia voi halutessaan myös käyttää aineiston ylläpitoon, korvaamaan vanhoja tietokantoja. 

Havaintoja voi tuoda Aineistopankkiin kahdella tavalla:

  1. Primääridatana: Aineisto tuodaan Aineistopankiin ja ylläpidetään jatkossa siellä. Aineiston voi tuoda joko taulukkotiedostona (Excel tm.) tai tallentamalla selainkäyttöisellä lomakkeella. Ylläpito tapahtuu selainkäyttöisellä lomakkeella.
  2. Sekundaaridatana: Aineisto kopioidaan Aineistopankkiin, mutta sitä ylläpidetään edelleen toisaalla. Aineisto ja myöhemmät päivitykset tuodaan Aineistopankkiin taulukkotiedostona.

Työn alla

Jatkamme Laji.fi-portaalin, Vihkon, Viranomaisportaalin ja muiden palvelujen parantamista osa kerrallaan. Lähiaikoina työskentelemme etenkin seuraavien aihepiirien parissa:

  • Havaintohakuun kehitetään monipuolisempia tapoja rajata havaintoja niiden laadun perusteella (lähdeaineiston laatu, yksittäisen havainnon laatu ja näiden yhdistelmät).
  • Havaintohaun tuloksiin lisätän valittavaksi mm. lajin sensitiivisyys.
  • Parannamme Vihkon toimintavarmuutta erilaisissa virhe- ja poikkeustilanteissa.
  • Uudistamme Laji.fi havaintohaun sekä Vihkon taustajärjestelmiä vakaammiksi ja nopeammiksi mm siirtämällä palveluita vakaammille pilvipalvelimille.
  • Vihkon avulla toteutetaan useita seurantahankkeita, joille teemme tallennusvälineitä ja tulospalveluja, ja joiden vanhaa dataa tuomme Vihkoon ja avoimesti saataville. Työ tehdään osana osa FIRI-hanketta. Keväällä 2021 teemme työtä etenkin näiden seurantojen kanssa:
    • Vesilintulaskennat (Luomus, Luke, SYKE, ELY-keskukset, Metsähallitus)
    • Maatalousympäristön päiväperhosseuranta (SYKE)
    • Kimalaisseuranta (SYKE)
  • Lajit -osion lajikorteilla lajikuvien näyttäminen paremmin lajinmääritystä tukevassa muodossa.
  • Teemme yhteistyötä Lifeplan-hankkeen kanssa, jossa kerätään biodiversiteettitietoa ympäri maailmaa erilaisten menetelmien avulla. Osallistujat lähettävät viikoittain gigatavuittain äänite- ja kuvamateriaalia kehittämämme palvelun avulla.
  • Helsingin yliopiston tietojenkäsittelytieteen laitoksen opiskelijaryhmä toteuttaa harjoitustyönä sovellusta Lintuasemien havaintojen kirjaamiseen.
  • Viranomaisportaalin kehitystä jatketaan. Portaalin kautta Laji.fi:n kaikki havainnot (m. sensitiiviset) ovat viranomaisten käytettävissä ja hyödynnettävissä esim. kaavoituksen ja suojelutoimien avuksi.
  • Kehitämme palvelua, jonka avulla laji.fi poirtaalissa voi tunnistaa suomalaisia hyönteisiä havaintojen geenisekvensseistä. Palvelu on osa FIRI-hanketta ja perustuu Helsingin ja Oulun yliopistojen tutkijoiden kehittämään Protax -sovellukseen.
  • Suunnittelemme tutkijoille suunnattua tutkimusportaalia, joka tarjoaa tutkijoiden tarpeisiin paremmin soveltuvia välineitä.
  • Olemme mukana kansainvälisissä Synthesys+ ja DiSSCo Prepare -hankkeissa, joissa tähdätään museonäytteiden digitoinnin ja tiedon jakamisen ja yhteiskäytön kehittämiseen. Molemmat hankkeet jatkuvat muutaman vuoden ajan.
  • Kehitämme Android-mobiilisovellusta havaintojen tallentamiseen Vihko-palveluun. Sovellus on nyt rajatussa testikäytössä.
  • Jatkamme työtä viranomaisten omistamien ja hallinnoimien havaintoaineistojen jakamiseksi Lajitietokeskuksessa. Tätä varten kehitetään uusia rajapintoja järjestelmien välillä ja avustamme heitä em. Aineistopankin käytössä.