Hyvää kevättä kaikille! Edellisestä kehitystiedotteesta on kulunut jo kohta melkein vuosi. Tästä voi päätellä, että tiimillämme on pitänyt kiirettä... Pyrimme nyt tiedottamaan jälleen kehityksestä säännöllisemmin.

Tehtyjä asioita Touko 2018 - Huhti 2019

Lajitieto

Laji.fi Lajit osio on suunniteltu ja toteutettu uudelleen. Uudessa toteutuksessa on pyritty täyttämään erilaisten käyttäjäryhmien toisistaan poikkeavia ja ristiriitaisia tarpeita. Laji.fi lajikortilla näytetään nyt enemmän tietoja. Lisättyjen tietojen joukossa ovat mm:

• Taksonikannassa määritellyt eri synonyymityypit, esimerkiksi: Telmatoscopus advena
• Esiintyminen vuodenajoittain havaintodatan perusteella, esimerkiksi: neitoperhonen (selaa alas; klikkaamalla kuukautta saa tarkemmat tiedot)
• Asiantuntijan määrittelemä esiintyminen eliömaakunnittain, esimerkiksi: suvantonäkinsammal (selaa alas)
• Lajien elinympäristöt, esimerkiksi taigamyyränporras
• Hyönteisten kuvapankin kuvat on viety lajikorteille, esimerkiksi Sitticus terebratus

Kehitämme vielä lajikortin tilastointeja tietosisällön osalta ja parannamme tietojen visualisointiin liittyviä yksityiskohtia. Vesiperhosille on luotu oma muotoryhmä jolla voi rajata lajiluetteloa ja havaintoja. Lajiluetteloa ja havaintoja voi rajata lajin yleisyyden mukaan (yleiset, harvinaiset, hyvin harvinaiset). Näitä tietoja on määritelty kattavasti tällä hetkellä perhosille, vesiperhosille ja kovakuoriaisille. Edellä mainituille tiedot perustuvat toimikuntien ylläpitämiin ns. frekvenssipisteisiin. Suomen eliölajien luettelo julkaistiin ensimmäistä kertaa. Seuraavaan julkaistuun luetteloon tehdään parannuksia ja laajennoksia palautteen mukaan. NEIC-projektissa kehitettiin yhteispohjoismainen rajapintamääritys eri taksonitietokantojen taksonikäsitteiden yhteenlinkittämiselle. Toteutimme Lajitietokeskuksen taksonomiakantaan tämän rajapinnan ja on olemassa proof-of-concept verkkosivu, joka näyttää eri tahojen tarjoamien rajapintojen tiedot. Varsinaista dataa ei kuitenkaan vielä ole määritelty kuin muutamalle esimerkkilajille.

Vihko havaintojärjestelmä

Hyönteistietokanta suljettiin ja havainnot on siiretty Vihkoon muokattaviksi. Jotta saat havaintojen muokkausoikeuden itsellesi, täytyy sinun liittää Laji.fi -tiliisi hyönteistietokannan tunnuksesi. Tämä tapahtuu Laji.fi sisäänkirjautuneena seuraavasti: Ylävalikosta oma nimesi -> Profiili -> Käyttäjätilini -> Kirjaudu uudelleen sisälle tietoturvasyistä -> Liistä muu tunnus -> Hyönteistietokannan kohdalla Liitä tämä tunnus -> Syötä Hyönteistietokannan käyttäjätunnuksesi ja salasanasi. Tunnuksen liittämisen jälkeen havainnot tulevat Vihkoon muokattavaksesi yhden vuorokauden viiveellä. Hyönteistietokannan tietojen siirrossa oli pieni epäkohta: Hyönteistietokannassa oli salaustäppä, joka salasi paikan 10km ruutuun ja ajan vuoden ja kuukauden tarkkuuteen. Vihkossa näille havainnoille on salattu ainoastaan paikka, ei aikaa. Tämä korjataan piakkoin. Hyönteistietokantaan tallennetut havaintokuvat ja erilliseen Kuvapankkiin tallennetut havaintokuvat on liitetty Vihkon havaintohin. Kuvapankista liitettiin havaintoihin ne kuvat, joille oli tallennettu Hyönteistietokannan havaintoerän tunniste. Vanhan ja uuden Hatikan datat on niin ikään siiretty Vihkoon. Jotta havainnot tulevat muokattavaksi Vihkossa, myös näiden järjestelmien käyttäjätunnukset tulee linkittää omaan Laji.fi profiiliin. Hatikan kuvat on niin ikään siiretty Vihkoon. Vihkoon on lisätty mahdollisuus tuoda tietoja Excel- ja/tai tekstitiedostoista. Helpoin tapa tuoda havaintoja on ensin luoda uusi Excel-pohja. Mene Vihkon etusivulta -> Työkalut -> Tee massatallennuspohja -> Valitse haluamasi pohjalomake (retkilomake tai sieniatlaslomake) -> Valitse tiedostoon haluamasi sarakkeet -> Luo pohja. Sitten syötä/siirrä havaintosi tähän pohjaan. Tiedot tuodaan Vihkoon seuraavasti: Työkalut -> Tallenna massatallennuspohjalla. Lataa tiedosto ja ohjelma avustaa sinua eteenpäin. Massatallennusta on parannettu edellisen viikon aikana korjaamalla siitä virheitä ja tiettyjä vaikeuksia. Vihko mahdollistaa myös muiden kuin Vihkolla tuotettujen havaintotiedostojen tuomisen. Tämä on huomattavasti hankalampaa kuin Vihkon luoman lomakepohjan käyttö ja voi vaatia alkuperäisen datan muokkaamista uuteen muotoon esimerkiksi päivämäärien osalta. Muita muutoksia:

• Vihkoon on lisätty runsaasti uusia kenttiä viimeisen vuoden aikana ja arvojoukkoja on laajennettu, mm. hyönteisille, lepakoille, linnuille jne. Eri lajiryhmille tarjotaan nyt eri kenttiä.
• Vihkoon voi luoda uusia havaintorivejä tuomalla lajiluettelon.
• Olemme pyrkineet nopeuttamaan Vihkon "Omat havaintoerät" sivun ja tutkimusten tutkimuspaikkaluettelon latautumista. Hiukan parannusta on saatu aikaan, mutta työ jatkuu vielä tämän osalta.
• Vihko ei osannut näyttää vanhoja havaintovuosia, jos havaintoja oli pitkältä aikaväliltä. Tämä on korjattu.
• Lajinimen ennakoiva tekstinsyöttö näyttää nyt enemmän tietoa valittavissa olevista vaihtoehdoista, kun hiiren vie tekstinsyötyön tuloksena tulleiden nimivaihtoehtojen päälle. Suomalaiset lajit merkitään nyt selvemmin (ennen sininen teksti, nyt Suomen lippu)
• Valokuvia lisättäessä tarjotaan nyt käyttäjälle aina mahdollisuus valita lisenssi ja antaa muut kuvan tiedot. (Ennen tätä muutosta moni ei huomannut kuinka kuvan lisenssiä voi vaihtaa.)
• Karttatyökaluun on nyt helpompi tuoda YKJ-koordinaatit leikkaa&liimaa menetelmällä. Palvelu osaa pilkkoa tiedot automaattisesti leveys- ja pituus -kenttiin.

Tutkimus ja projektit

Toteutimme Natura-lehden järjestämään koululaisten kokoelmakilpailuun Vihko -lomakkeen. Suomen eliölajien uhanalaisuusarviointi valmistui. Toteutimme tietojen selailuun hakupalvelun, joka löytyy osoitteesta https://punainenkirja.laji.fi. Olemme ottaneet käyttöön maalintujen linjalaskennan ja talvilintulaskennan Vihko lomakkeet ja tulospalvelut. Molempien tutkimuksen vanhat tiedot on siiretty uuteen tietokantaan. Molempien tutkimuksien osalta tarvitaan vielä runsaasti vanhan datan siivousta. Näiden tukimuksten toteutuksen yhteydessä on tehty hurja määrä työtä Vihkon erilaisten ominaisuuksien parissa, etenkin tutkimuksien ylläpitäjille suunnattuja ominaisuuksia. Tämän työn tuloksena voidaan nyt toteuttaa helposti uusien tutkimuksien tarpeisiin teemasivuja, tutkimuksien käyttäjähallinta jne. Ylläpitäjät voivat lukita havaintoeriä ja avata lukitun havaintoerän. Lukittuja havaintoeriä voi tutkia katselumoodissa. Tutkimuksien tulossivujen numeeriset tilastoinnit tehdään nyt salaamattomasta datasta niiltä osin, kun tiedot eivät vaaranna sensitiivisten lajien tietoja. Toteutimme tämän vaatimat rajapinnat ja teimme muutokset tulospalveluihin (NAFI, talvilintulaskenta, linjalaskenta). Tutkimuksiin osallistuvat voivat nyt tallentaa postioisoitteensa omiin tietoihinsa Laji.fi käyttäjähallinnassa. Tätä tarvitaan kun tutkimuksiin osallistuville lähetetään materiaalia. Olemme toteuttaneet työkaluja viranomaisten käyttöön vieraslajien torjuntapaikkojen hallinnointiin ja torjuntatoimien kirjaamiseen.

Vieraslajien torjuntapaikan tietojen kirjaamista: testidataa

Työn alla on myös uusi versio vieraslajit.fi -portaalista, joka parantaa etenkin sivuston toimintaa mobiililaitteilla ja uudistaa sivun ulkoasua. Sivustolle tulee myös sisäänrakennettu Vihko-lomake vieraslajihavaintojen ilmoittamiseen (nykyisellä sivustolla käyttäjät ohjataan kolmansien osapuolien lajiryhmäkohtaisiin ilmoituslomakkeisiin).

Uuden vieraslajiportaalin etusivu

Vieraslajien selailua

Olemme osallistuneet työhön, jonka tarkoituksena on saada Metsähallituksen Laji-GIS järjestelmän lajitieto siirtymään Lajitietokeskukseen. Työ on edennyt siihen saakka, että LajiGIS palveluntoimittajalle on laadittu tarvittavista laajennoksista tekniset määrittelyt. Työ toteutettanee kesän 2019 aikana tai hiukan jälkeen. Tämän jälkeen toteutamme vielä Lajitietokeskuksen omiin järjestelmiin tiedon siirrossa tarvittavat laajennokset. Metsäkeskuksen kanssa on kehitetty tekniset ratkaisut sille, että maanomistajat voivat nähdä Metsään.fi -sivustolla omalla maallaan sijaitsevien arvokkaiden luontokohteiden sijainteja. Asiasta tiedotetaan erikseen tarkemmin. Lajitietokeskuksen aineistopyyntöpalvelu on avattu. Käyttäjät voivat nyt Laji.fi:n Selaa havaintoja osiossa tehdä aineistopyynnön saadakseen käyttöönsä tarkat, salaamattomat havaintotiedot. Kunkin aineiston omistajat käsittelevät omia aineistojaan koskevat pyynnöt. Saatujen käyttökokemusten perusteella palvelua kehitetään nyt hiukan lisää, jotta pyyntöprosessi saadaan sujuvammaksi. Pyyntöjä on tehty kymmenisen kappaletta, joista tällä hetkellä yksi on saatu käsiteltyä niin, että pyyntäjä on saanut tiedot käyttöönsä.

Kotka kokoelmienhallinta

Kotka on järjestelmä kaikille Suomen luonnohistoriallisille museoille näytekokoelmien hallintaan. Siihen on tehty lukuisia uusia ominaisuuksia:

• Ominaisuuksia puutarhojen elävien kokoelmien hallintaan
• Tietojen massatuontia ja vientiä on parannettu
• Tallennuspohja genomikokoelmille ja datan tuonti tietokantaan
• Tallennuslomake paleontologialle ja datan tuonti tietokantaan
• Mikrobidatan hallintaan tarvittavia uusia kenttiä
• Vapaasti määriteltävien mittaustolosten kirjaaminen
• Nagoya-protokola määrittelee mitä tietoja tulee säilyttää geneettisen materiaalin siirroista eri maiden välillä ja arkistoi tarvittavat luvat. Kotkaan on toteutettu tätä varten tarvittavat lisätoiminnot.

Sekalaista

• Lajinimihakua on parannettu edelleen. Esimerkiksi: Jos sama epiteetti löytyy useaan kertaan siksi, että sama epiteetti esiintyy myös synonyyminimenä -> tarjotaan vain virallista nimeä eikä lainkaan synonyyminimeä.
• Olemme ottaneet käyttöön uuden helpdesk -sovelluksen palautteen käsittelyyn ja seurantaan.
• Kaverihaku toimii nyt vain etu- ja sukunimien perusteella, eikä voi hakea kaikkia tiettyyyn ryhmään/tms itsensä ilmoittaneita henkilöitä.
• Havaintoa kommentoineet laadunvalvojat saavat nyt ilmoituksen, jos muut henkilöt kommentoivat heidän aiemmin kommentoimaansa havaintoa.
• Lajikuville ja havaintokuville voi nyt lisätä kuvaustekstejä.
• Havaintojen hakukoneeseen on tehty lukuisia tarkennuksia, mm. liittyen luovutettujen alueiden vanhojen havaintojen ilmoituksiin, eliömaakunnan ja kunnan tulkintaan, useisiin Pyhäjärvi nimisiin kuntiin jne.
• Havaintoja voi nyt hakea Vihkossa annettujen avainsanojen ja projektinimien avulla.
• Havaintohaun rajaukset on ryhmitelty uudelleen ja siellä on nyt kaksi moodia: Perus ja Edistynyt. Rajauksien yhteyteen on lisätty aputekstejä. Uusia rajauksia on lisätty, muun muassa haku havainnoijan nimellä, tallennusajalla jne.
• Havaintohaun rajaukset Uhanalaisuus ja Hallinnollinen ominaisuus toimivat nyt siten, että jomman kumman annetuista hakutekijöistä pitää päteä (esim jos hakee erityissuojeltavat lajit ja uhanalaisuusluokassa EN tai CR olevat lajit, riittää että laji on JOKO erityissuojeltava TAI luokassa EN tai CR).
• Lajitietokeskuksen karttapalvelun karttaviipaleet tulevat nyt maanmittauslaitoksen maksullisesta palvelusta ja välimuistitetaan omaan palveluumme. Tämän ansiosta karttojen pitäisi nyt latautua nopeammin kuin ennen.
• Karttapalveluun on lisätty uusia valittavissa olevia kerroksia. Niiden läpinäkyvyyttä voi nyt vapaasti säätää. Päällekkäin voi nyt olla myös useita taustakerroksia.
• Havaintojen haussa yksittäisen havaintoerän näkymään on lisätty näkyville koordinaattien lähde, koordinaatit eri muodoissa ja tarkkuuksille ja  mahdollisuus ladata alkuperäinen kuvio.
• Eliöryhmille on mahdollista nyt määritellä järjestys (ennen oli aakkosjärjestys).
• Taxon editor työkaluun on lisätty asiantuntijoille enemmän mahdollisuuksia hallita kuinka eri nimillä ilmoitetut havainnot linkittyvät Lajitietokeskuksen havaintohaussa taksonomiaan.
• Uusi luonnos laadunvalvonnan toiminnasta on viimein valmistunut ja avataan kommenteille lähitulevaisuudessa.
• Ohjelmistorajapinnan (API) muutokset on dokumentoitu täällä.

Juuri nyt työn alla

Työstämme Lajit-osion tietojen esittämistä. Korjaamme Hyönteistietokannan tietojen tuonnissa Vihkoon ilmenneen salausepäkohdan. Punaisen kirjan hakupalveluun tehdään lukuisia korjauksia ja parannuksia. Näytettävien ja ladattavissa olevien tietojen määrää laajennetaan. Sivusto käännetään englanniksi ja ruotsiksi. Laji.fi portaalissa lajiluettelo ja havainnot tulevat rajattavaksi lajille määritellyn elinympäristön avulla. (Eli lajiluettelossa voi rajata esimerkiksi kaikki metsälajit ja havaintojen haussa voi rajata havainnot niiden lajien havaintoihin, jotka ovat metsälajeja.) Talvilintulaskennan ja maalintujen linjalaskentaan tehdään vanhojen tietojen siivousta, datojen uudelleenlatausta ja viimeistellään ja/tai toteutetaan ylläpitäjille saatavilla oleva tietokantadump. Hyönteistietokannassa pystyi antamaan "kokoelmatunnisteen". Nämä tiedot on viety Vihkoon havaintokohtaisen kentän Kokoelma/Avainsanat sisällöksi. Työn alla on muuttaa Selaa havaintoja osiota siten, että kokoelmatunnisteella ja muilla avainsanoilla voi rajata havaintoja. Tämä tulee mahdolliseksi Tunnisteet ja avainsanat > Avainsanat, projektinimet, lisätunnisteet -rajauksen avulla. Työstämme viranomaisille lomaketta, johon he voivat tuoda Vihkon Excel-formaatissa tallennetut vanhat vieraslajihavaintonsa ja muokata niitä helposti. Tämä ns. "massasyöttölomake" tulee myös julkisesti Vihkon käyttäjille käytettäväksi. Sen tavoitteena on mahdollistaa Retkilomaketta helpompi havaintojen tallennus kun havainnot ovat useista paikoista ja eri päivämääriltä. Olemme jo useita kuukausia kehittäneet geneeristä etikettien tulostusta varten ohjelmistokirjastoa. Sen avulla Kotkan tai Vihkon käyttäjä voi itse suunnitella omat näyte-etikettinsä, valita näyteet joille haluaa tehdä etiketit ja saada ne tulostettavassa muodossa. Tämä ominaisuus tulee ensin Kotkaan ja myöhemmin Vihkoon. Käynnissä on kaksi uutta Vihko-projektia: Liito-oravien LoLife -projektille lomake liito-oravien pesintäpaikkojen ja havaintojen tallentamiseen ja Luomuksen lepakkoprojektin lomake. Lisäksi kehitetään mobiilisti hyvin toimivaa lomaketta vieraslajihavaintojen ilmoitukseen. Mobiililomakkeesta tehdään myös mille tahansa havainnoille sopiva versio. Olemme saaneet lisävoimia kehitystyöhön, ja Laji.fi sivuston mobiilikäytettävyys ja käytettävyys yleensä otetaan nyt parannettavaksi. Tuloksia voi odottaa muutaman kuukauden aikavälillä. Muutamme Laji.fi havaintojen hakua siten, että ei-luonnonvaraiseksi merkityt havainnot eivät enää tule oletuksena mukaan hakutuloksiin. Kotka kokoelmajärjestelmään tehdään parannuksia puutarhojen elävien kokoelmiin liittyen.

Lajitietokeskuksen kehityksestä

Lajitietokeskuksen kehityksen tilasta ja rahoituksesta voi lukea foorumeilla viime kuussa julkaissusta tiedotteesta. Tuossa tiedotteessa haettu toimi on täytetty ja uusi Laji.fi-kehittäjä on aloittanut tiimissämme. Hän keskittyy etenkin parantamaan Laji.fi:n käytettävyyttä ja toimintaa mobiililaitteilla. Tämän vuoden kehityksen painopisteistä ja tulevien vuosien kehityskohteista tiedotamme vielä erikseen myöhemmin!