Havaintojen alkuperäisten geometriatietojen lataus ja vienti QGIS-paikkatieto-ohjelmistoon

Nämä ohjeet kertovat miten lataat ja avaat havaintojen geometriat QGIS-paikkatieto-ohjelmistossa siinä muodossa, kuin havainnon tekijä on ne alun perin tallentanut (piste tai polygon).

Älä tee havaintotietoihin korjauksia tai muita muutoksia paikkatieto-ohjelmistoissa. Nämä korjaukset eivät päädy Lajitietokeskukseen, joten jos haet sieltä havaintoja uudelleen, muutokset eivät ole käytettävissä. Korjaukset kannattaa tehdä Laji.fi:n laadunvalvontatyökalulla.

Lajitietokeskus julkaisee havaintotietoja lukuisista eri lähteistä, joten tietojen laatu vaihtelee paljon. Tiedon käyttäjän vastuulla on päättää mitkä havaintotiedot soveltuvat hänen käyttöönsä.

1. Aineistolataus

Avaa Laji.fi havaintohakuportaali ja tee haluamasi suodatukset aineistolle.

Lataa tiedostona -nappia painamalla voit valita kolmesta vaihtoehdosta millaisena haluat hakea tiedot:

A) Yksinkertainen taulukko on nopein tapa ladata havaintoja. Se sisältää vain joitakin tärkeimpiä tietokenttiä. Voit itse valita mitä kenttiä haluat mukaan.

B) Viittauskelpoinen tiedosto sisältää kaiken havainnoista Lajitietokeskuksessa olevan julkisen tiedon. Ladattuun tiedostoon voi viitata julkisesti, joten se sopii esim. tutkimustyössä käytettäväksi.

C) Aineistopyyntö tuottaa samanlaisia tiedostoja kuin viittauskelpoinen tiedosto, mutta se sisältää myös sensitiivisiä tai muuten ei-julkisia tietoja, mikäli sinulle myönnetään lupa saada näitä tietoja.

A) Yksinkertaisen taulukon lataus

Valitse ensin sarakkeisiin mukaan haluamasi tietojen lisäksi havaintojen geometriatiedot WKT-muodossa sekä paikan tarkkuus. Muita sarakkeita voit valita oman tarpeesi mukaan.

Sarakkeiden valinnan jälkeen lataa havainnot omalle koneellesi haluamasi muodossa. QGIS osaa avata tsv-tiedostoja, mutta taulukkomuodossa ladatut aineistot täytyy tallentaa csv-muotoon (avaa aineisto ja tallenna nimellä -> valitse tiedostomuodoksi CSV UTF-8).

B) Viittauskelpoisen tiedoston lataus

1. Kun teet viittauskelpoisen aineistolatauksen, saat sähköpostiisi linkin sivulle, josta voit ladata itse havaintotiedoston.

Esimerkki viittauskelpoisesta tiedostosta: https://tun.fi/HBF.38947

2. Hae tiedosto tietokoneellesi

3. Tiedosto on pakattu zip-muotoon. Pura se tietokoneellesi.

4. Tuloksena saat useita tiedostoja. Havaintojen tärkeimmät tiedot ovat rows_NNN -tiedostossa. Muuta tämän tiedostopäätteeksi .csv, koska paikkatieto-ohjelmistot eivät tue .tsv-tiedostoja.

5. Aineisto sisältää oletusarvoisesti havaintoalueen keskipisteen koordinaatit WGS84-muodossa omissa sarakkeissaan:

Gathering.Conversions.WGS84CenterPoint.Lat(N) Gathering.Conversions.WGS84CenterPoint.Lon(E)

C) Aineistopyyntötiedoston lataus

Tämä tehdään samalla tavalla kuin viittauskelpoisen tiedoston vienti, ks. yllä. Huomaa kuitenkin että aineistopyynnön kautta haettuja sensitiivisiä tai muuten ei-julkisia tietoja saa käyttää ainoastaan siihen tarkoitukseen, mihin on pyydetty ja saatu lupa aineistojen haltijoilta.

2. Aineiston vienti QGIS-paikkatieto-ohjelmistoon

Kun olet saanut aineiston koneellesi, tarkastele sitä haluamassasi taulukkolaskentasovelluksessa (esim. Excel) tai tekstieditorissa. Mitä geometrioita aineistosi WKT-sarake sisältää? Tyypillisimmin aineisto on tallennettu pisteinä (POINT) ja alueina (POLYGON), mutta mukana saattaa olla myös viivoja (LINESTRING).

Esimerkkiaineistossa sisältää geometrioita POINT ja POLYGON muodossa. Koska pisteitä ja alueita ei voida käsitellä paikkatietona samassa tiedostossa, sinun on tuotava aineisto ohjelmistoon kaksi kertaa: polygoneina ja pisteinä. Jos aineisto sisältäisi viivoja, tulisi myös ne tuoda erikseen samoja vaiheita noudattamalla.

  1. Avaa haluamasi QGIS-projekti ja siirry resurssienhallintaan ikkunan vasemmasta reunasta löytyvän painikkeen kautta.

2. Valitse resurssienhallinnan valikon vasemmasta palkista tiedostomuodoksi Delimited Text ja hae "File name" -valikosta aiemmin tallentamasi CSV-tiedosto. Varmista, että "Encoding" -kohdassa on valittuna UTF-8.

3. Määritä asetukset kuvan mukaisesti niin, että taulukon sarakkeet tulevat näkyviin oikein (Custom delimiters: Semicolon) ja ruksita ainakin ”First record has field names”. Geometry Definition kohdassa valitse Well known text ja Geometry field valikosta WGS84 WKT. Geometry field -kohta määrittelee poimitko tiedostosta pisteiden, viivojen vai polygonien geometriat. Jos haluat tuoda aluemaisina tallennetut havainnot, valitse Polygon. Lopuksi varmista, että geometry CRS-kohdassa koordinaattijärjestelmänä on EPSG:4326 – WGS84. Lopuksi paina ”Add”.

4. Nyt aineiston tulisi näkyä Layers -valikossa ja havaintojen ilmestyä kartalle polygoneina. Aineiston attribuuttitaulussa näkyy kuitenkin edelleen kaikkien havaintojen tiedot, myös niiden, joiden geometrioita ei vielä tuotu kartalle (tässä tapauksessa pisteet). Asia korjaantuu, kun tallennat tuodun aineiston vektorimuodossa (esim. geopackage, shapefile) klikkaamalla hiiren oikealla näppäimellä kyseistä aineistoa Layers -valikosta ja valitsemalla Export --> Save Features As. Tallenna havainnot haluamasi sijaintiin ja ruksita: lisää tallennettu aineisto kartalle (add saved file to map). Näin syntyneelle uudelle karttatasolle jää attribuuttitietoihin ainoastaan kyseisiä geometrioita vastaavat tiedot (tässä tapauksessa polygoneina tallennetut havainnot).

5. Jotta saisit pisteinä tallennetut aineistot näkyviin, sinun täytyy tuoda ne erikseen. Avaa siis sama aineisto uudelleen resurssienhallinnan kautta ja toista samat vaiheet, mutta valitse tällä kertaa Geometry type valikosta POINT. Käsitelläksesi pistehavaintoja omana eheänä aineistonaan, tallenna syntynyt tiedosto haluamaasi paikkatietoformaattiin, kuten edellisessä vaiheessa.